在碳排放權配額清繳之前，企業發現因節能減排技術創新等方式導致配額有結余的，可以通過全國碳排放權交易系統進行交易。《碳排放權交易管理辦法(試行)》規定，碳排放權交易應當通過全國碳排放權交易系統進行，可以采取協議轉讓、單向競價或者其他符合規定的方式。
前已述及，根據營改增相關政策，企業銷售無形資產?碳排放權資產應繳納增值稅，2019年4月1日起增值稅稅率為6%。轉讓方應向受讓方開具正式的增值稅專用發票，並將轉讓價款作為企業所得稅應稅收入。根據《碳排放權交易有關會計處理暫行規定》，其賬務處理為：
1.重點排放企業出售購入的碳排放配額的，按照出售日實際收到或應收的價款(扣除交易手續費等相關稅費)，借記?銀行存款?其他應收款?等科目，按照出售配額的賬面余額，貸記?碳排放權資產?科目，按其差額，貸記?營業外收入?科目或借記?營業外支出?科目。
2.重點排放企業出售無償取得的碳排放配額的，按照出售日實際收到或應收的價款(扣除交易手續費等相關稅費)，借記?銀行存款?其他應收款?等科目，貸記?營業外收入?科目。