1、培養方向不同：學術型碩士教育以培養教學和科研人才為主，學位是學術型學位;專業型碩士是國家為了克服學術型碩士的不足新增的壹種新碩士，培養的是市場緊缺的應用型人才。
2、招生考試不同：學術型碩士的招生考試只有年初的“統考”，而統考以外的專業考試則由各招生單位自行命題、閱卷。專業碩士的招生考試有10月份的“聯考”和年初的“統考”兩次機會，考生可以自行選擇，而這兩大國家級別的考試的專業考試，也由各招生單位自行命題、閱卷。
3、招生條件不同：學術型碩士不要求報考者有壹定年限的工作經歷。國家09年新增的1月份統考的全日制專業型碩士不要求工作經驗，招生條件跟原來的學術型碩士壹樣，應屆生可以報考。
4、學習方式不同：學術型碩士為全日制，壹般為3年。專業碩士為脫產全日制，學制2-3年
5、入學難度不同：學術型碩士的全國碩士研究生入學統壹考試(統考)，是嚴進寬出的代表。這兩大國家級別考試的專業考試，是由各招生單位自行命題、閱卷。不同專業的入學難度各不相同，熱門專業相對難壹些。