根據《深圳經濟特區會計師管理條例》的規定，理事會由下列成員組成：
1.政府委托的理事(不超過理事人數的三分之壹)；
2.會員大會選舉的理事（含執業會員理事與非執業會員理事）。 理事會是會員大會的執行機構，其職責如下：
1.向會員大會報告工作，執行會員大會決議；
2.提出協會發展規劃和年度工作計劃草案；
3.確定協會內部機構的設置和職權；
4.審定協會的工作制度並監督其執行；
5.對違反執業準則和職業道德規範的註冊會計師進行懲戒；
6.審查協會的財務收支，審定會費標準和收費辦法；
7.章程規定的其他事項； 主任委員：程新
委 員：邱進軍、張順和、王岱娜、張廣清、劉湘蓉、張平。
候補委員：趙青、李宏。 理事會設立有調查委員會、註冊委員會、懲戒委員會、專業技術委員會、繼續教育委員會、協調委員會、行政財務委員會、文體委員會、公***事務及發展委員會、中小事務所發展委員會等專門委員會，各委員會對理事會負責並向理事會報告工作。
1.調查委員會（9人）
主任委員：祁進忠 副主任委員：刁英峰 樂之立
委 員：張寶柱、趙 青、張 俊、王慶剛、遊朝霞、陳誌堅。
2.註冊委員會（7人）
主任委員：谷 楊 副主任委員：劉湘艷
委 員：焦 陽、魏梅芳、李俊豐、張雲鶴、王廣旭。
3.懲戒委員會（7人）
主任委員：劉 洛 副主任委員：蘇 洋
委 員：虞熙春、梁 烽、鄒招保、余漢強、胡應誌。
4.專業技術委員會（9人）
主任委員：胡春元 副主任委員：郭晉龍
委 員：賴玉珍、姚文平、何曉明、謝 楓、李令德、蔡曉東、徐翠波。
5.繼續教育委員會（11人）
主任委員：谷 楊 副主任委員：徐小伍 劉雪生
委 員：熊楚熊、王蘇生、屈先富、高 虹、林萬強、孫進山、高海軍、楊春盛。
6.協調委員會（5人）
主任委員：李 勉 副主任委員：陳懷宇
委 員：陳 亮、徐 菲、鐘其軍。