企業財務會計的最終目標是通過會計核算使企業以最少的資本支出取得最大的經濟效益；預算會計的目的是反映預算收支政策的執行情況，而不是盈利。
2、核算的前提不同。
預算會計的資金來源是國家撥款，以持續經營為基礎。企業會計的資金來源來自利潤，而利潤是以持續經營為基礎的。
3、會計核算的基礎不同
在預算會計中，財政總預算和行政單位會計以收付實現制為基礎，事業單位會計根據單位實際情況分別采用收付實現制和權責發生制。企業會計以權責發生制為基礎。
4.會計的原理是不同的。
會計的基本原理更具體。在企業會計八項之外，增加了專款專用、實際成本、配比原則。政府和非營利組織對資源的會計掌握和占有會因外部或內部特定目的而受到限制。會計要求資產總額等於負債總額和凈資產，強調固定資金與固定資產總額的對應，強調專款專用。
5.會計要素不同。
預算會計要素分為五類:資產、負債、凈資產、收入和支出。企業會計要素分為六大類:資產、負債、所有者權益、收入、費用和利潤。即使是同名的會計要素，在預算會計和企業會計中也有很大區別。
6.不同的會計等式
預算會計的會計等式是:資產=負債=凈資產；企業會計的會計等式是:資產=負債=所有者權益。把所有者權益變成凈資產。
7.會計的內容和方法有其特殊性。
預算會計是以整個國家預算執行為中心組織核算，既核算各種非物質生產部門的預算收支，又核算物質生產部門的經濟效益和上繳利稅。企業財務會計以企業為主體，會計內容只能是企業的經濟活動。凡是與企業經濟活動有關的、屬於對方的會計內容，都不應在企業中進行核算，這也是企業會計主體固有的定性規定。比如在預算會計中，固定資產壹般要對應固定資金，固定資產不計提折舊；對外投資壹般對應投資基金；對專項資金實行專款專用的措施；壹般不實行成本核算，即使有成本核算，也是內部成本核算；沒有利潤和利潤分配的核算。在企業會計中，固定資產計提折舊，進行成本核算。
8.會計報表的內容不同。
預算會計報表包括資產負債表、收支表、基本建設投資表、附表、會計報表附註和收支表等。企業會計報表包括資產負債表、利潤表、現金流量表、所有者權益變動表、會計報表附註和財務報表說明書。