1，部門預算改革將對現行預算會計基礎產生根本性影響。
當前的部門預算改革使預算編制更加細化、公開透明，同時貫徹了綜合預算原則。為了評估績效，需要逐步引入基於權責發生制的政府會計制度。這將有助於強化政府的會計責任，明確政府的委托責任，增加財政透明度，全面、準確、完整地反映壹個國家的綜合財政經濟狀況，解決長期存在的拖欠工資、拖欠工程款和隱性債務等問題。
事實上，介於收付實現制和權責發生制之間的是修正權責發生制。如果修改很小，就和收付實現制差不多了。如果修正量較大，甚至可以相當於權責發生制。壹般來說，各國根據自身實際有選擇地采用修正權責發生制，修正的程度和範圍非常靈活。比如，我國財政總預算會計可以采用權責發生制確認預算單位年末結余資金、應償還的內外債務、政府間支出和補助支出；行政事業單位會計核算可采用權責發生制確認未支付的職工工資、未支付的退休養老金、需要分期攤銷的大宗勞務消費或購買支出等會計事項。
2.復式預算的進壹步改革要求組織相應的完整會計。
從復式預算的角度看，我國現行預算會計存在兩個問題:
第壹，沒有按照復式預算進行相應的、完整的核算。雖然我國預算法規定中央和地方實行復式預算，但在1997之前，各類政府預算收支仍在“壹般預算收入”和“壹般預算支出”科目中核算。1997之後，對於納入預算管理的部分預算外收支，財政總預算的核算統壹在“基金預算收入”和“基金預算支出”科目中。這樣，預算會計實際上是按照簡單的預算來組織核算的。
二是沒有體現中國特色的預算狀況。中國特色的預算狀況應該反映政府實際活動的特點，而不僅僅是政府作為預算的組織者和執行者的特點。目前，我國各級政府實行相同的會計制度，但公開活動的範圍和內容不盡相同，這也存在諸多弊端。
我國現行復式預算的進壹步改革，要求公共預算、國有資本預算和社會保險預算分別編制。這就要求我國的預算會計制度未雨綢繆，提前為其改革做好準備。財務總預算會計應組織對其進行完整的核算，以反映和考核其經營狀況。因此，需要按照上述復式預算的要求，進壹步改革現行的財政總預算會計制度，對完整的政府預算活動設置資產、負債和凈資產、收入和支出等五種會計科目，將公共預算、國有資本預算和社會保險預算分別作為壹個會計主體，分別建立“資產=負債+凈資產”的會計等式，分別為其編制資產負債表和預算執行表。對於復式預算子預算之間的資金轉移等業務活動，預算會計也應在相應的會計主體中進行會計處理，以全面反映政府預算的運行狀況和結果。
3.費改稅和機構改革將進壹步規範和規範預算會計。
隨著部門預算改革的深入，所有政府性基金和預算外資金將大幅減少，並將逐步進入專門賬戶，實行收支兩條線管理。費改稅的實施將進壹步減少行政單位和事業單位現行會計核算中預算外資金的核算內容。對於行政單位的會計核算，由於各種原因，可能存在壹定時期預算外資金的部分核算內容；對於事業單位的會計核算，特別是全面走向市場、與財政脫鉤的事業單位，為政府履行或代理取得預算外收入的客觀條件將逐漸喪失，核算預算外資金的“應交財政專戶”也將逐漸失去意義。
這就引出壹個問題，事業單位預算會計向何處去？
事業單位業務範圍廣，其性質、職責、財務管理和對市場的依賴程度與行政單位明顯不同，需要實行不同的核算方法。對於教育機構和少數繼續依靠財政補貼的事業單位，可以按照現行行政單位會計核算慣例，采用收付實現制。當然，這並不妨礙它最終走向壹定程度的權責發生制。對於更進壹步走向市場，與財務脫鉤的事業單位，可以參照企業會計制度采用權責發生制。
4.政府采購制度的實施也會引起預算會計的壹些變化。
政府采購制度的實施是政府預算管理制度改革的重要內容，它將使壹般預算會計對部分財政支出的列報直接基於對供應商或勞務提供者的實際分配。作為1997期間我國預算會計改革的壹項重要內容，總預算會計對財政資金總預算支出的列報口徑由銀行支出改為財政撥款。在政府采購制度下，凡列入政府采購計劃並編入政府采購預算的貨物和服務，均由政府采購部門采購，財政部門通過國庫直接支付給供應商或服務商。這就使得財政部門的職責不僅是根據預算和各單位的進度撥付資金，而且還要根據采購機構提交的預算撥款申請和相關采購文件，按照實際發生的金額，通過政府采購資金專用賬戶向供應商進行支付。
5.國庫集中支付制度的實施將對預算會計產生重大影響。
我國現行的中央國庫集中收付制度改革是壹個漸進的改革方案。這主要體現在三個“不變”:即部門預算單位資金所有權和使用權不變；不改變部門和單位會計人員的職責；不改變中國人民銀行國庫局的職責。同時，部門開設的“賬戶”不會被清理，但單壹賬戶和其他政府預算改革措施將逐步使部門開設的賬戶自然消亡。雖然各地的改革方案各具特色，但其相同之處在於都沒有改變現行的預算框架，都實行了單壹賬戶和統壹資金結算，多為統壹財務管理，實行“零戶統壹管理”。
國庫集中收付制度的逐步實施，將使現行的財政預算會計和行政單位會計再次面臨深刻的變革。目前壹般財政預算會計收取財政收入並向行政單位撥付資金，行政單位收取壹般財政預算會計撥付的資金並向下級行政事業單位轉移資金。行政單位將預算收入和預算外資金收入上繳財政總預算會計等業務的發生和核算方式將發生根本性變化。財政部門將對財政支出資金進行全過程管理，財政總預算會計的監控對象擴展到了原來的單位預算會計，對單位預算會計的依賴性減弱。財政支出是實際的購買支出或轉移支出。由於每個行政單位只是政府的壹部分，其所有資金都是財政資金，必須通過國庫單壹賬戶收付，其資金活動已經通過總預算會計反映。因此，財政總預算會計和行政單位會計可以說是總量和分項的關系，兩者同構為政府會計，其會計目標是為財政管理服務。而在事業單位，除了財政資金還有其他資金，不需要通過國庫單壹賬戶收付，所以其核算體系比較強。只是由於非盈利性、公共性以及近年來我國事業單位仍以國有企業為主的事實，與財政總預算會計密切相關。
此外，政府預算改革將使預算會計科目體系更加科學。
當前政府預算制度改革是我國經濟市場化、依法行政、依法理財、財政公共性日益增強的必然結果。政府預算制度改革將對預算會計制度改革產生重大影響，反過來又會促進和推動政府預算改革。