1.對內部會計制度缺乏了解，削弱了企業的內部會計控制制度。有的企業領導認為建立控制制度需要消耗人力物力，而這種人力物力的消耗所帶來的經濟效益又難以確定，因而缺乏建立企業內部會計控制的積極性和主動性；有些企業領導把成本控制，或者對內部資產安全等方面的控制，視為內部會計控制；還有的企業領導根本不了解內部會計控制，覺得成堆的手冊、文件、制度真的很繁瑣，多余。由於企業領導的不重視，也導致企業會計人員和員工對內部會計制度的漠視，有意無意地削弱了內部會計控制制度。
2.公司治理結構不規範。國企改革後，法人治理結構正式建立。但在很多公司，董事長和總經理都由壹人擔任，董事是監事。董事會成員多為企業管理者，董事會很難起到監督作用。監事會成員的薪酬和職務晉升多由總經理或董事長決定，導致監事會形同虛設，難以有效發揮監督職能。企業財務會計由總經理直接領導，在組織上和經濟上都依賴於企業經理。作為領導來監督領導，顯然不符合監督者與被監督者相分離的原則。相互制衡的公司治理結構無法建立，使企業內部會計控制和監督成為壹句空話，造成壹些企業管理層獨斷專行、腐敗舞弊，造成財務信息失真。
3.會計機構獨立性差，內部會計控制執行不力。壹般來說，會計機構在內部會計控制的設計和實施中起著非常重要的作用。企業會計機構對會計流程、產品流程、產品性質、公司管理性質非常熟悉。因此，會計機構經常承擔設計內部會計控制政策和程序的任務。因此，會計機構在企業內部會計統計體系中起著重要的作用。會計機構的獨立性是影響內部會計控制制度發揮作用的重要因素。中國很多上市公司的會計機構缺乏最起碼的獨立性，會計機構要聽經理和董事長的話。這時，會計機構就成了信息對稱的最大障礙。會計機構的獨立性是企業在公司治理中應該註意的問題。
4.內部會計控制機制的運行缺乏有效的監督。僅靠內部會計控制制度本身並不能充分發揮管理效能。只有執行內部控制制度，嚴格按照制度辦事，並在運行過程中及時審計和評價，才能真正實現提高效率的目的，保證會計控制的有效性。現實中，很多企業有各種財務制度和辦法，但沒有嚴格的監督機制保證其執行，導致內控制度形同虛設；有的企業側重事後監管，屬於過程控制範疇的會計程序弱化，屬於事前控制範疇的制度建設滯後；其他企業對內部控制機制運行的監督往往被壹般性工作失誤的排查和糾正所替代，缺乏對內部控制運行的深入評估，未設置相應的考核評價指標，導致內部控制措施難以真正落實。
二，企業內部會計控制存在的問題及對策
1.加強宣傳和培訓，提高企業管理層對內部會計控制重要性的認識。要加強培訓，讓社會各界了解內部會計控制的基本原則和積極作用，使加強內部會計控制成為企業的自覺行動和眼前需要，為實施內部會計控制規範營造良好的輿論氛圍和社會環境。不僅要培養會計專業人才，還要對單位領導進行教育培訓，使企業領導正確認識到建立企業內部會計控制制度不僅是會計法的要求，也是建立現代企業制度、實現科學管理的需要。對保護企業資產的安全完整，提高會計信息質量，保證相關法律法規的實施具有重要意義。企業負責人只有在思想上有了正確的認識，才能在工作中帶頭貫徹執行，從組織領導層面解決內部控制執行不力的根本癥結。
2.完善內部會計控制制度。企業應根據財政部發布的《內部會計控制準則——基本準則(試行)》的要求，健全和完善適合自身特點的內部控制制度，以達到會計控制的目的。會計控制系統主要包括:貨幣資金控制系統、購付匯控制系統、銷售收款控制系統、成本控制系統、資金籌集控制系統、擔保業務控制系統等。上述控制體系可以根據所涵蓋的內容細分為若幹具體的控制體系，從而形成壹個完整的內部會計控制體系。例如，貨幣資金控制系統涵蓋現金、銀行存款、其他貨幣資金等。，涉及貨幣資金的保管、授權和審批、不相容崗位的分離和限制；銷售和收款控制體系，包括銷售商品(或服務)的定價原則、信用審批和條件、付款結算方式和應收賬款管理等。值得註意的是，所有的控制系統應該相互連接，口徑壹致，以避免矛盾。
3.規範公司治理結構。董事會必須按照現代企業制度的規範來建設:首先要加強董事會在公司治理結構中的主導地位，突出其核心作用；其次，實行獨立董事制度，通過董事會內部組織的適當外化，引入外部獨立董事，對內部人形成壹定的監督和制約，最大限度地維護全體股東的權益；再次，明確董事會內部分工，成立專門委員會。通過規範公司治理結構，從企業組織結構方面保證內部會計控制運行基礎的完善。
4.明確控制目標，加強內部監督。內部會計控制制度側重於會計核算和會計監督。壹般來說，健全的內部會計控制制度應該能夠有效地防止差錯和舞弊的發生，即使發生了，也容易及時發現和糾正。因此，在設計時，壹定要明確控制目標，充分考慮各項內部會計控制制度是否符合內部控制的基本原則，認真檢查關鍵控制點是否得到控制，是否實現了全部控制目標。