東南大學在1952全國高校院系調整後開始招收研究生。50年代末60年代初，* * *招收117研究生。1978恢復碩士研究生，1981學位條例實施後，是第壹個授予學士、碩士、博士學位的單位，是第壹個擁有博士後流動站的單位。是第壹個進入國家“985工程”和“211工程”的，而且是自己審批博士和碩士。
第壹批允許招收培養工程碩士研究生，第壹批允許授予工程博士專業學位。1986年4月經國務院批準成立試點研究生院，1996年3月經國家教委批準正式成立研究生院。東南大學研究生院已成為我國研究生教育和培養的重要基地。
東南大學蘇州研究院是東南大學與蘇州市人民政府全面合作建立的集科技創新載體建設、高新技術企業孵化、高層次人才培養、公共技術服務為壹體的辦學實體。
東南大學蘇州研究生院將開設工商管理、公共管理、法律碩士、工程碩士(含化學化工、環境工程、生命科學、生物制藥、電子信息、計算機科學與技術等)等應用型學科。)，會計碩士，並會根據需要不定期開設研究生課程和短期項目培訓。建立國家、省、部級重點和專業實驗室，首先合作建設生物技術園區。