1992年11月，因莆田市區舊城改造，市檔案館拆除，檔案寄存莆田縣檔案館。1994年，市政府決定在莆田鳳凰山公園附近建造新的市檔案館，同年4月動工，至1995年12月完成主體工程。該館為六層樓房，占地3150平方米，館庫建築面積3436平方米。1997年，市檔案局籌集資金41萬元，用於館庫室內外裝修。2001年，市財政撥款24萬元用於市館建設掃尾工程，同年12月，市檔案館綜合大樓完工並初步通過主體驗收。2003年市財政又撥款50萬元用於市館新大樓的水電、消防掃尾工程，同年10月，市檔案館綜合大樓通過驗收正式交付使用，全館67753卷檔案資料從荔城區檔案館順利搬遷到新館辦公樓。
至2005年12月，市檔案館有電腦17臺、空調19臺、去濕機6臺、復印機2臺、密集架44列、目錄櫃20組、掃描儀2臺、防磁櫃1臺、監控設備1套、消防報警器1套、滅火器94瓶等檔案資料庫房設備。 至2005年12月，全市各級各類檔案館館藏檔案 564個全宗、296790卷，圖書資料46470冊。
至2005年12月，市檔案館保存民國檔案、中華人民***和國成立後檔案***288個全宗、124810卷，圖書資料27837冊。還接收寄存了轉制、破產企業的檔案30000多卷。
（壹）、民國時期檔案。***17個全宗、4460卷，檔案起止年度為1918－1949年，這部分檔案有民國時期莆田縣黨部、三青團、莆田縣政府、警察局、法院、醫院、學校等關於組織機構設置、人事任免、獎懲、施政、案件審理、區域劃分、保甲制度、田賦壯丁、教職員工花名冊、學生花名冊、學籍卡片、學生畢業證存根、畢業生留念照、各種統計數字及清朝時期契約等文件材料。
（二）中華人民***和國時期檔案。***271個全宗、 120350卷，檔案起止年度為1949－2005年。來源於現存的或已撤銷的市直、莆田縣黨政機關、團體、企事業單位及市屬部分破產轉制企事業單位，其主要內容有中***中央、國務院、省委、省政府及各部委辦局頒發的方針政策性文件，省委、省政府關於閩侯專區、莆田地區、莆田市、莆田縣機構設置或撤銷、幹部任免、行政區域變更等的決定、通知；莆田市、莆田縣黨政機關、群團組織召開重要會議的文件材料；莆田市及莆田縣直機關、團體和部分企事業單位的機構設置、印章啟用、幹部任免獎懲、年度工作計劃、總結、幹部職工花名冊、統計表、征用土地、解決邊界糾紛、婚姻登記證明、典型的調查報告、工作簡報、財務決算、基建、土地房產及破產企業等的文書檔案、會計檔案、科技檔案；黨和國家領導人來莆視察的照片等聲像檔案。這部分檔案反映了閩侯專區、莆田地區、莆田市、莆田縣各個時期和歷次政治運動的歷史面貌。
（三）館藏資料主要內容有建國以來各種法規性文獻和文件匯編；馬列著作、毛澤東及其他新中國領導人著作；《二十四史》、《興化府誌》、《莆田縣誌》等各種史書和本市、莆田縣的地方史誌；民國時期地方性報紙和建國後《人民日報》、《福建日報》及本市主辦的《閩侯報》、《興化報》、《湄洲報》等；本省、本市、莆田縣各種統計資料；莆仙戲劇科介；名人名畫；蔡、鄭、林、陳、吳、王、黃、楊、張氏族譜等。 （壹）收集
1991年，全市新接收進館檔案1236卷，其中城廂區檔案館首次接收進館622卷。1995年，市檔案館依法接收了市輕工局、二輕局、商業局等撤並單位7000多卷冊檔案資料。1997年，全市各級檔案館***接收撤並機構檔案資料8926卷（冊），接收到期進館檔案2136卷。1998年，全市各級檔案館***接收231個單位的檔案，接收比率達90%。2000年，全市檔案接收進館比率為90%。2001年，市檔案館***接收破產企業檔案、“三講”材料等近1000卷，莆田縣檔案館接收文書檔案和會計檔案4407卷。2003年，市檔案館接收興化賓館、部隊造紙廠1萬多卷檔案，仙遊縣接收機構改革單位1972卷檔案。2004年，市檔案局館接收區劃調整和到期應接收檔案177個全宗70669卷、資料14057冊，其中接收了莆田縣檔案館館藏檔案資料73075卷（冊）。此外還接收了莆田縣財政局冊籍檔案9192卷及實物檔案50件。城廂區、涵江區、荔城區檔案館接收土地延包檔案3993卷，涵江區檔案館接收3家撤銷的信用社檔案16000卷及23個工程檔案，荔城區接收水產局等單位檔案21585卷，仙遊縣接收83個全宗31332卷。2005年，市檔案館接收了市勞動局、莆田縣紀委、梧塘鎮的檔案及市外貿公司企業檔案6481卷，仙遊縣接收清房、婚姻登記檔案及撤銷單位檔案1248卷，荔城區接收莆田縣外貿公司破產檔案1000多卷，城廂區接收機關和企業破產檔案4809卷，設立婚姻檔案專庫。
1992年，市檔案館征集到南少林遺址考證史料、原國民黨“空軍詩人”陳禪心詩詞《世界和平頌女神》等5本書籍。仙遊縣征集10種地方族譜、35卷《仙遊縣誌》年稿及部分抗戰以來的宣傳標語和照片。2004年，市檔案局接收莆田縣檔案館館藏資料14057冊，收集28張老照片參加《中國檔案報》舉辦的老照片展覽；城建檔案館***拍攝照片286張；城廂區接收資料186冊。2005年，市檔案館征集到原南京軍區副司令員詹大南將軍珍藏的124張東圳水庫建設老照照片及壹幅大壩工程截面圖等。仙遊縣檔案館征集楊、鄭、黃族譜和縣統計年鑒、楓亭文化研究等資料18冊。
（二）整理與保管
1991年，市檔案館整理中央、省委文件匯集42卷，編寫全宗介紹17個，建立20個全宗卷，編制了1847卷檔案開放目錄，莆田縣檔案局整理館內檔案3527卷，編制全宗介紹34個，全市搶救修裱了民國破損檔案989卷計90865張。至1993年，莆田市民國檔案案卷級目錄編制全部完成。1994年，市館完成1957－1962年52個全宗2653卷文件解密工作。“八五”期間，市檔案館、仙遊縣檔案館和莆田縣檔案館均進入省壹級館行列。1997年，全市各級檔案館對館藏1967年以前的檔案進行鑒定、解密劃控，***解密318個全宗47073卷，開放檔案32712卷，開放率為89．5%，並編制了開放目錄。1998年，莆田縣、仙遊縣檔案館組織人員對蟲蛀、黴變的館藏檔案進行全面修復，***搶救、修復100個全宗3919案卷、搶救比率88%。市館完成解密劃控21個全宗143卷、仙遊縣完成120個全宗1420卷、莆田縣完成114個全宗23751卷。1999年，莆田縣檔案館順利通過省檔案局的考評，成為市首家“九五”期間省壹級館單位，仙遊縣檔案館評為“九五”期間省二級館，涵江區檔案館評為省三級館。2000年市館完成館藏26個全宗305卷的解密劃控工作。2004年11月，市檔案館以97．2分的成績通過省檔案局考評小組的驗收，晉升為“十五”期間省壹級檔案館。2005年，市檔案館對接收進館檔案的案卷目錄、全引目錄及案卷進行校對、整理、上架等工作，整理仙遊糖廠、興化賓館、市外貿公司的破產檔案及莆田縣財政局土地房產冊籍檔案計24000卷，並對7000卷冊籍檔案中部分破損的進行裱糊、重換卷皮。荔城區檔案局對接收進館的莆田縣財政局的檔案進行整理計2502卷並入庫。市檔案館完成館藏短期檔案鑒定14個全宗294卷，完成館藏三十年的檔案解密劃控53個全宗8771卷。2005年，城廂區、涵江區、荔城區檔案館晉升為“十五”期間省二級檔案館。
檔案安全責任重於泰山。我市各級檔案館始終把檔案安全放在首位。市、各縣區檔案館在實行專庫專管的基礎上，定期對館藏檔案進行清點、保管狀況進行檢查。堅持做好“八防”工作，堅持檔案館24小時值班制度，有效防火、防丟失。市檔案館庫房做到外有紅外線報警系統、內有防盜監控。 1993年，市檔案館再次向外開放館藏的原閩候地委、專署1949—1956年的部分檔案。
2003年，市檔案館解密開放1500多卷館藏檔案。2004年7月，市館開放館藏原莆田地區機關1970—1974年36個全宗的1085卷檔案。2005年，市檔案館完成館藏滿三十年檔案解密53個全宗、7283卷，仙遊縣完成館藏滿三十年檔案解密150卷，荔城區完成館藏2個全宗檔案解密300卷。
公民和組織持有合法證明（身份證、工作證、介紹信）均可利用開放的館藏檔案、資料。 市各級各類檔案館、檔案室積極開發利用檔案信息資源，為工作查考、編史修誌、科學研究、經濟建設、房地產糾紛、落實政策等服務。僅1991年，全市接待利用檔案、資料10849人次、查閱檔案、資料71497卷次。檔案的利用效果顯著，如1999年，仙遊縣楓亭鎮為建避風港，利用了檔案館原楓亭港的地質圖和設計資料，據測算僅避免地質勘察重復勞動就可節省資金100萬元。2004年，惠安縣提出位於湄洲灣的部分海域灘塗管轄權屬於惠安縣，要求莆田市的漁民不得在此海域從事海洋養殖生產，為了維護市漁民的合法權益，莆田市海洋漁業局到市檔案館查閱到有關5張地圖檔案資料，復印上報省海域勘界辦，省海域勘界辦據此作出了公正的處理，從而維護了莆田市的合法權益。莆田市江口鎮東樓村村民劉某在澳門定居，由於結婚證丟失，無法辦理妻子前往澳門定居的有關手續，2004年，夫婦到市檔案館查閱婚姻登記檔案，由於檔案材料完整齊全，順利辦理了公證手續，夫妻過上了團圓的日子。
2004—2005年，全市各級檔案館接待社會各界查檔7974人次、11418卷次。2005年5月13日，莆田市現行文件中心正式掛牌對社會公眾開放，接待利用者查閱現行文件。仙遊縣、城廂區、涵江區、荔城區、秀嶼區現行文件利用中心也相繼建立並對社會公眾開放，全市各級現行文件利用中心接待利用268人次、352份文件。