協調地方財政部門和衛生行政部門對基金進行監督管理，新農合經辦機構(以下簡稱經辦機構)具體負責基金的日常業務管理和會計核算工作。
基金財務管理的任務是:認真執行國家有關法律法規和方針政策，合理籌集和使用基金；建立健全財務管理制度，組織實施基金的計劃、核算、分析和考核，如實反映基金的收支情況；嚴格遵守財經紀律，加強監督檢查，確保資金安全。
各統籌地區財政部門在社會保障基金財政專戶中設立新型農村合作醫療基金專用賬戶(以下簡稱財政賬戶)，對基金進行管理和核算。基金納入財政專戶，收支兩條線，專款專用。任何地方、部門、單位和個人不得擠占、挪用、平衡財政預算，不得用於機關人員和工作經費。