行政單位會計在1998年以前與財政總預算會計分立，與事業單位會計相融合成為單位預算會計的組成部分。社會主義市場經濟體制確立後，事業單位進入市場，會計不僅要核算預算資金的領報，而且要核算自行組織的收入、支出，以及收支的盈虧情況，形成與原事業行政單位會計不同的事業單位會計。為適應政企分離，轉變政府職能的需要，行政單位主要執行政府的管理職能，行政單位會計主要核算和監督撥付預算資金的取得、運用，形成與事業單位會計不同的行政單位會計。至此，原預算會計的兩個組成部分（總預算會計和單位預算會計）變為三個會計系統（各級人民政府財政會計、事業單位會計和行政單位會計）。
新生的行政單位會計分設資產、負債、凈資產、收入、支出五個會計要素。以“資產=負債+凈資產”、“收入-支出=結余”，實行收付實現制，采用借貸記賬法。