政府與非盈利組織會計采用的是預算會計，與企業會計相比具有以下主要特點：
（1）會計核算的基礎不同。預算會計中，財政總預算會計和行政單位會計以收付實現制為會計核算基礎，事業單位會計根據單位實際情況，分別采用收付實現制和權責發生制。企業會計均以權責發生制為會計核算基礎。
（2）會計要素構成不同。預算會計要素分為五大類：即資產、負債、凈資產、收人和支出。企業會計要素分為六大類：即資產、負債、所有者權益、收人、費用和利潤。即使相同名稱的會計要素，其內容在預算會計與企業會計上也存在較大差異。
（3）會計等式不同。預算會計的會計等式為：資產＝負債十凈資產；企業會計的會計等式為：資產＝負債十所有者權益
（4）會計核算內容及方法有其特殊性。在預算會計中，固定資產壹般應與固定基金相對應，固定資產不計提折；對外投資壹般與投資基金相對應；對專用基金實行專款專用辦法；壹般不實行成本核算，即使有成本核算，也是內部成本核算；沒有利潤及利潤分配的核算等。這些均與企業會計有明顯差異。
特殊方法
（1）會計要素（會計報表要素）分為資產、負債、凈資產、收入、支出、結余，基本會計等式為：資產＝負債＋凈資產，收入－支出＝結余，在基金制度下，分為資產、負債、基金余額、收入、支出基金余額變動，基本會計等式為：資產－負債＝基金余額，收入－支出＝基金余額變動；
（2）會計確認采用收付實現制、結合運用權責發生制和收付實現制；
（3）基本會計報表，除資產負債表、現金流量表外，還有收入支出表。在基金制度下有資產負債表、收入、支出及基金余額變動表、現金流量表，均依基金種類分設專欄列報。此外，政府及其公立非營利組織還編制預算比較表，在基金制度下也按基金種類分別比較。