單位對於納入部門預算管理的現金收支業務，在采用財務會計核算的同時應當進行預算會計核算；對於其他業務，僅需進行財務會計核算。
現金收支業務：壹般情況下，對於財務會計下“財政撥款收入”、“零余額賬戶用款額度”、“庫存現金”、“銀行存款”和“其他貨幣資金”科目發生增減變動時，在預算會計下應同時進行會計處理。
納入部門預算管理：對於不納入部門預算管理的現金收支，如應當上繳國庫或財政專戶的款項、應當轉撥其他單位的款項、受托代理的款項等，收到或支付時僅作財務會計核算，不需要進行預算會計核算。
平行記賬問題，主要是“預算會計”的記賬問題，為避免不記、多記、重記、漏記等問題，在判別時應當註意以下三個原則：
預算性原則——避免漏記。
壹次性原則——避免重復／銜接。
壹致性原則——避免沖突。
例如：某行政（事業）單位申請財政直接支付單位水電費1500元，已通過財政支付的方式支付。按照“平行記賬”的要求，單位的會計核算分錄如下：
財務會計
借：業務活動費用1500
貸：財政撥款收入1500
預算會計
借：行政支出等1500
貸：財政撥款預算收入1500