(l)會計基礎不同。在預算會計中，財政總預算和行政單位會計以收付實現制為基礎，事業單位會計根據單位實際情況分別采用收付實現制和權責發生制。企業會計以權責發生制為基礎。
(2)核算要素不同。預算會計要素分為五類:資產、負債、凈資產、收入和支出。企業會計要素分為六大類:資產、負債、所有者權益、收入、費用和利潤。即使是同名的會計要素，在預算會計和企業會計中也有很大區別。
(3)會計等式不同。預算會計的會計等式是:資產=負債=凈資產；企業會計的會計等式是:資產=負債=所有者權益。
(4)會計核算的內容和方法有其特殊性。在預算會計中，固定資產壹般應對應固定資金，固定資產不計提折舊；對外投資壹般對應投資基金；對專項資金實行專款專用的措施；壹般不實行成本核算，即使有成本核算，也是內部成本核算；沒有利潤和利潤分配的核算。