根據上述職責，市財政局內設16個科級職能機構：
（壹）辦公室
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常事務工作；承擔文稿起草、信息、新聞、文件督辦、安全保密、信訪、政務公開等工作；擬定機關內部工作制度；承擔機關財務和直屬事業單位資產管理工作。
（二）組織人事科
負責局機關和直屬單位的組織人事管理工作；擬定並組織實施本系統的教育培訓規劃；調查研究本系統幹部隊伍建設狀況；協助機關黨委、工會、團支部、婦委會工作，負責機關離退休幹部管理工作。
（三）綜合科（三亞市非稅收入管理局）
負責擬定預算外資金管理的有關政策、規章和制度；負責監繳行政事業性收費、政府性基金、罰沒收入及其他收入；管理有關政府性基金；對住房、物價、國有土地使用制度調整改革提出政策性建議；負責監管住房公積金和行政事業單位住房基金；負責行政事業單位收費、罰沒票據監管工作；承擔彩票管理的有關工作。
負責全市非稅收入管理工作；擬定和貫徹執行非稅收入管理制度和政策；會同有關部門擬定國有土地使用權出讓收入和國有海域使用金收入的政策規定；負責編制和匯總市本級非稅收入年度征收計劃；負責市本級非稅收入的征收管理和稽查工作；負責全市非稅收入統計和分析工作。
（四）財政政策法規科
負責擬定我市財政發展中長期規劃及政策；擬定我市產業發展財政扶持政策；負責擬定我市民生和社會事業發展等重要支出的保障機制；負責建立財政支出績效評價體系，對我市重點項目的財政投入和產出效益性進行分析；擬定我市財政地方性法規、規章和制度；負責綜合性政策問題的調研工作；承擔本系統普法工作。
（五）預算科（稅政科）
負責編制全市年度財政預算（草案），執行經市人大批準的財政預算；制訂全市財政管理制度，提出增收節支和平衡財政收支的政策措施與建議；指導鄉鎮財政預算工作，批復鄉鎮財政決算；辦理預算追加、調整事項；在國家政策規定範圍內，審核和辦理地方稅收收入的退庫業務，負責企業增值稅退稅申請的初審工作,研究稅收政策、結構調研工作；聯系、處理和協調與稅務部門的稅收業務工作。
（六）國庫科
管理本市預算指標；負責總預算會計核算工作，辦理預算內外資金收支結算劃撥；辦理預算指標追加、追減；負責市本級財政資金調度，匯總、編制市本級和全市財政總決算；分析全市財政預算執行情況；統壹管理市本級財政資金賬戶，研究和推行國庫集中收付制度。
（七）行政政法科
負責行政、政法、教育、科技、文化等方面的部門預算有關工作；擬定行政性經費和事業單位通用的財務管理制度；貫徹執行國家相應的經費管理制度和開支標準；監管有關經費及專項資金；負責財政預算內行政機構、事業單位和社會團體的非貿易外匯管理；承擔義務教育經費保障機制改革的具體工作；按規定管理重大科技專項資金；審核、批復分管部門和單位的年度決算。
（八）經濟建設科
負責工業、交通、資源、建設、商務等方面的部門預算有關工作；參與擬定重點建設投資的有關政策；擬定基本建設財務管理制度；承擔有關政策性補貼和專項儲備資金財政管理工作；負責對國家投資項目的財政撥款使用效益進行分析、檢查和監督，審核、批復分管部門和單位的年度決算。
（九）農業科
負責農業、林業、水利等方面的部門預算有關工作；管理支農專項資金；管理政策性農業和扶貧專項貸款貼息，統籌安排本級財政扶貧資金及農業綜合開發資金的選項、分配、借貸，並監督、跟蹤反饋資金的使用效益；負責制定農業財務管理制度，審核批復農、林、水等部門及農業綜合開發資金的年度預算和決算；負責農口專項資金報賬工作。
（十）社會保障科
負責人力資源和社會保障、民政、衛生等方面的部門預算有關工作；會同有關部門管理本級財政社會保障和就業及醫療衛生支出，會同有關部門擬定和貫徹實施有關資金（基金）財務管理制度；承擔社會保障金、社會保險基金財政監管管理工作；擬訂相應的財務制度；審核批復上述範圍內單位年度預算和決算。
（十壹）企業科
負責國有資產監督管理等部門預算有關工作；提出本市企業改革和發展的財政政策建議；擬定企業財務制度及企業財務會計報告編制辦法並組織實施；承擔國有資本經營預算的有關工作；承擔有關資產評估管理工作,參與對民族貿易企業的認定工作。
（十二）政府采購管理科
擬定政府采購管理辦法；制定政府集中采購目錄；負責審核本級預算部門和單位政府采購預算；對政府采購政策執行情況實施監督檢查；建立和管理本級政府采購評審專家庫；處理投訴；統計匯總政府采購信息。
（十三）資產管理科
負責落實國家對行政事業單位資產管理的法律、法規和政策；監督檢查行政事業單位國有資產管理政策的執行情況；負責行政事業單位資產統計報表；按規定辦理行政事業單位的產權界定、產權糾紛調處；承擔本市行政事業單位國有資產有關審批事項。
（十四）債務金融科
負責辦理中央和地方投入的基本建設資金（包括國債轉貸資金）的撥款；負責政府國內外債務的管理工作；辦理世界銀行、亞洲開發銀行以及國外金融組織貸款的有關業務，對貸款項目進行跟蹤檢查；參與國外貸款談判與磋商業務，審核辦理擔保手續；負責下崗失業人員小額擔保貸款管理；組織農業保險工作；配合市政府在國內外的籌資，管好政府貸款項目的債務。
（十五）會計科
負責管理全市會計工作；擬定並組織實施國家統壹的會計準則制度、註冊會計師行業規章制度；負責全市會計從業資格和會計人員繼續教育工作；按照規定承擔會計專業技術資格管理工作；負責設立代理記賬機構的審批工作,承擔指導和監督註冊會計師、會計師事務所業務的工作。
（十六）財政督察辦公室
對全市的財政收支執行情況和預算執行情況進行檢查和監督；負責對各部門及社會團體、企事業單位執行財政法規、政策、制度等情況進行監督檢查；負責對違反財經紀律的事件及違紀人員進行調查，提出處理意見；負責對各部門及其所屬各單位的預算執行、預算外資金收取、管理和使用等收支兩條線情況的檢查和監督；負責對財政性資金管理使用效益的情況進行檢查和監督；負責對有征收任務部門的征收、退付預算收入以及本級國庫辦理預算收入的收納、劃分、留解退付和預算支出撥付的情況進行監督；負責起草全市財政監督的有關規章制度；按有關規定負責對會計任免和政府采購等活動進行監督。