(1)所得稅
目前，我國新能源發電企業所得稅從新能源企業第壹批產品取得收入後的納稅年度開始計算。前三年免征新能源企業所得稅，第四年至第六年減半繳納企業所得稅。但是，目前很多新能源發電企業對所得稅優惠政策認識不足，在享受過程中沒有落實稅收優惠政策。還存在以下問題:首先，國內很多新能源發電企業對於享受稅收優惠政策的起始時間存在壹些認知問題，以為是從第壹張發票開始。但在我國的稅收政策中，將企業的電氣設備投入使用後取得的第壹筆收入，作為首次享受稅收優惠政策的時間。對於發電企業來說，從獲得經濟效益到開具發票還有壹定的時間差，導致在享受三免三減半優惠政策的過程中出現壹些問題。此外，許多新能源發電企業享受非項目生產經營所得稅優惠政策。但在我國稅收政策中，要求企業從享受優惠政策的公共基礎設施項目的經濟效益中，單獨核算不在目錄內的經營效益。如果是多頭核算的項目，不允許享受稅收優惠政策，非項目經營的壹些收益也不允許享受稅收優惠政策，包括財政貸款貼息、固定資產收益等。另外，項目營業收入和非項目營業收入互相彌補虧損。因此，所有新能源發電企業不得彌補應稅項目與減免稅項目之間的虧損。值得註意的是，應納稅所得額和免稅損失能否相互彌補，各地區稅務局並未明確認定。因此，企業在實際納稅過程中需要先咨詢當地稅務機關，後續方可進行。
(2)增值稅
在文件編號中中國財稅81，明確要實現風力、太陽能發電產生的電力增值稅，就要實行按需退還50%的政策。但是，在享受上述優惠政策的過程中，很多企業仍然存在以下涉稅風險。我國很多企業對壹般貨物收入中可以按需退還的收入和增值稅沒有嚴格劃分。新能源發電企業的清潔能源生產收益才能享受增值稅優惠政策，其他收入實現的增值稅應作為壹般貨物收入計算。而我國很多企業沒有明確增值稅退稅，所得稅延期繳納問題頻發，增值稅入庫後不能及時返還。在實踐中，由於退稅流程復雜、地方政策偏緊，增值稅退稅過程中存在時間長、新年現象頻發等問題。
(3)耕地占用稅和土地使用稅
對於耕地占用稅和土地使用稅，不同地區對新能源發電企業的優惠政策存在壹定差異，存在以下涉稅風險:1，應納稅面積計算錯誤。因為新能源發電企業占地面積比較大，所以每個區域也是通過點簽的方式進行。但壹些企業在實際操作中需要按照土地證面積繳納耕地占用稅和土地使用稅，因為很多企業通過出租的方式占用部分土地，沒有辦理相應面積的土地證，往往會出現少繳稅的問題。2.納稅地點不對。耕地占用稅和土地使用稅壹般需要向當地稅務機關繳納，納稅人在跨地區使用土地的過程中也需要向當地稅務機關繳納。而很多新能源發電企業在跨區域占地過程中，並沒有按照相關要求進行繳納，只是向企業主管稅務機關繳納。
二、新能源發電企業稅收優惠政策的適用。
(壹)深化稅收優惠政策。為保證新能源發電企業稅收優惠政策的落實，企業還應探索自身的生產經營體系，做好稅收優惠政策的研究，選擇最適合的稅收優惠政策，最大限度地發揮稅收優惠政策的作用，切實降低企業整體稅負，最大限度地發揮稅收政策的激勵效應和促進效應。(二)及時履行備案手續。近年來，隨著我國簡政放權政策的實施，許多稅收優惠政策的申報程序由審批改為審批備案制，這也為納稅人的稅收工作提供了壹定的便利。但企業在享受稅收優惠政策的同時，還需向稅務機關辦理稅務備案手續，並根據我國稅收要求，保留企業生產經營中的留存和備查資料。保留期限為自享受稅收優惠政策之日起10年。不能出示證明材料的納稅人不能享受這壹優惠政策。(3)加強核算。只有在準確核算結果的基礎上，企業才能享受稅收優惠政策。因此，新能源發電企業應規範現行核算模式，切實落實各項稅收優惠政策。