大部分核算單位的報賬員素質較低，在壹定程度上制約了會計集中可算的工作質量。會計核算中心與核算單位之間的聯系溝通大部分是通過核算單位的報賬員來進行。經調查詢問發現，在集中核算的單位中，將近有壹般的人員沒有會計上崗證和會計專業技術職稱。
往來的款項不能及時清理。由於核算中心人員對各核算單位的了解情況較少，再加上部分核算單位不能及時與核算中心溝通，有的往來款項掛了壹年又壹年變成了呆賬死賬，最終予以核銷，從而造成國有資產流失。
會計核算中心對各核算單位的實務資產不能進行定期清理盤點，容易造成固定資產流失。會計核算中心只有核算，而具體的財產清查則由單位實施，會計核算與財產物資管理脫節。
會計業務的真實性受到限制，由於核算中心的會計人員獨立於核算單位，並且具體辦公地點不在核算單位，不了解單位核算的具體情況。