1、審計費用完全由被審計單位決定時，會計師事務所在經濟上受制於被審計單位，導致其獨立性受到質疑。會計師事務所會為了獲取審計費用而不願意提供被審計單位需要的審計意見，這損害註冊會計師的獨立性和聲譽。
2、當審計費用過高或過低時，會計師事務所會面臨經濟利益的考量，導致其在審計過程中產生偏見或失去客觀公正性。這影響註冊會計師對財務信息的真實性和準確性的評估。