高新技術企業的條件之壹是收入比例。無論是2008年發出的《科技部、財政部、國家稅務總局關於印發〈高新技術企業認定管理辦法〉的通知》（國科發火〔2008〕172號），還是今年初發布的《科技部、財政部、國家稅務總局關於修訂印發〈高新技術企業認定管理辦法〉的通知》（國科發火〔2016〕32號），都要求高新技術產品（服務）收入應占到企業當年總收入的60%以上。但何為“總收入”，法規卻沒有規定。
早在2008年，中國註冊會計師協會發布的《高新技術企業認定專項審計指引》（會協〔2008〕83號）規定，復算最近壹個會計年度高新技術產品（服務）收入占申報企業當年總收入（主營業務收入與其他業務收入之和）的比例，與申報企業計算的結果核對是否壹致。明確總收入為主營業務收入與其他業務收入之和。
但上述說法不是稅收規定，征管實踐中的“總收入”壹直是個有爭議的問題。有觀點認為應包括營業外收入或者為《企業所得稅法》第六條規定的所有收入，也有觀點認為高新技術企業認定應根據企業財務會計數據認定，會計準則規定的收入才是“總收入”。
《國家稅務總局關於發布〈中華人民***和國企業所得稅年度納稅申報表（A類，2014年版）〉的公告》（國家稅務總局公告2014年第63號）中，A107041《高新技術企業優惠情況及明細表》第8行“本年企業總收入”，填報說明對此行解釋，本年企業總收入：填報納稅人本年以貨幣形式和非貨幣形式從各種來源取得的收入，為稅法第六條規定的收入總額。包括銷售貨物收入，提供勞務收入，轉讓財產收入，股息、紅利等權益性投資收益，利息收入，租金收入，特許權使用費收入，接受捐贈收入，其他收入。明確了高新技術企業的“總收入”為《企業所得稅法》第六條規定的收入，即企業的高新技術產品（服務）收入須占到稅法第六條規定的收入總額的60%以上才符合條件。
但是，能否以申報表填報說明的解釋作為法規依據是有爭議的。
最近發布的《科技部、財政部、國家稅務總局關於修訂印發〈高新技術企業認定管理工作指引〉的通知》（國科發火〔2016〕195號）第三條第四款第二項規定，總收入指收入總額減去不征稅收入。收入總額與不征稅收入按照《中華人民***和國企業所得稅法》（以下稱《企業所得稅法》）及《中華人民***和國企業所得稅法實施條例》（以下稱實施條例）的規定計算。即高新技術企業的“總收入”為《企業所得稅法》第六條規定的收入總額減去不征稅收入。
例：
某高新技術企業2016年取得高新技術產品收入1000萬元，普通產品收入200萬元，取得政府補助200萬元（符合不征稅收入條件，按照不征稅收入處理），取得股息、紅利100萬元，取得股權轉讓收入300萬元（股權轉讓成本200萬元）。
按照2014年第63號公告計算比例=1000÷（1000+200+200+100+300）×100%=55.56%按照國科發火〔2016〕195號文件計算比例＝1000÷（1000＋200＋200＋100＋300－200）×100%＝62.5%＞60%，符合高新技術企業條件。