為防止納稅人將應征稅的經濟利益排除在應稅收入之外，新企業所得稅法將企業以貨幣形式和非貨幣形式取得的收入，都作為收入總額。實施條例將企業取得收入的貨幣形式，界定為取得的現金、存款、應收賬款、應收票據、準備持有至到期的債券投資以及債務的豁免等；企業取得收入的非貨幣形式，界定為固定資產、生物資產、無形資產、股權投資、存貨、不準備持有至到期的債券投資、勞務以及有關權益等。由於取得收入的貨幣形式的金額是確定的，而取得收入的非貨幣形式的金額不確定，企業在計算非貨幣形式收入時，必須按壹定標準折算為確定的金額。實施條例規定，企業以非貨幣形式取得的收入，按照公允價值確定收入額。公允價值，是指按照市場價格確定的價值。
2.對於持續時間跨越納稅年度的收入的確認
企業受托加工、制造大型機械設備、船舶等，以及從事建築、安裝、裝配工程業務和提供勞務，持續時間通常分屬於不同的納稅年度，甚至會跨越數個納稅年度，而且涉及的金額壹般比較大。為了及時反映各納稅年度的應稅收入，壹般情況下，不能等到合同完工時或進行結算時才確定應稅收入。企業按照完工進度或者完成的工作量對跨年度的特殊勞務確認收入和扣除進行納稅，也有利於保證跨納稅年度的收入在不同納稅年度得到及時確認，保證稅收收入的均衡入庫。因此，實施條例對企業受托加工、制造大型機械設備、船舶等，以及從事建築、安裝、裝配工程業務和提供勞務，持續時間跨越納稅年度的，應當按照納稅年度內完工進度或者完成的工作量確定收入。
除受托加工、制造大型機械設備、船舶等，以及從事建築、安裝、裝配工程業務和提供勞務之外，其他跨納稅年度的經營活動，通常情況下持續時間短、金額小，按照納稅年度內完工進度或者完成的工作量確定應稅收入沒有實際意義。另外，這些經營活動在納稅年度末收入和相關的成本費用不易確定，相關的經濟利益能否流入企業也不易判斷，因此，壹般不采用按照納稅年度內完工進度或者完成的工作量確定收入的辦法。
3.不征稅收入的具體確認
考慮到我國企業所得稅納稅人的組織形式多樣，除企業外，有的以非政府形式（如事業單位）存在，有的以公益慈善組織形式存在，還有的以社會團體形式存在等等。這些組織中有些主要承擔行政性或公***事務職能，不從事或很少從事營利性活動，收入來源主要靠財政撥款、行政事業性收費等，納入預算管理，對這些收入征稅沒有實際意義。因此，新企業所得稅法引入"不征稅收入"概念。實施條例將不征稅收入的財政撥款，界定為各級人民政府對納入預算管理的事業單位、社會團體等組織撥付的財政資金，但國務院和國務院財政、稅務主管部門另有規定的除外。這裏面包含了兩層意思，壹是作為不征稅收入的財政撥款，原則上不包括各級人民政府對企業撥付的各種價格補貼、稅收返還等財政性資金，這樣有利於加強財政補貼收入和減免稅的規範管理，同時與現行財務會計制度處理保持壹致；二是對於壹些國家重點支持的政策性補貼以及稅收返還等，為了提高財政資金的使用效率，根據需要，有可能也給予不征稅收入的待遇，但這種待遇應由國務院和國務院財政、稅務主管部門來明確。
4.稅前扣除的壹般框架
按照企業所得稅的國際慣例，壹般對稅前扣除進行總體上的肯定性概括處理（壹般扣除規則），輔之以特定的禁止扣除的規定（禁止扣除規則），同時又規定了允許稅前扣除的特別規則（特殊扣除規則）。在具體運用上，壹般扣除規則服從於禁止扣除規則，同時禁止扣除規則又讓位於特殊扣除規則。例如，為獲得長期利潤而發生的資本性支出是企業實際發生的合理相關的支出，原則上應允許扣除，但禁止扣除規則規定資本性資產不得"即時"扣除，同時又規定了資本性資產通過折舊攤銷等方式允許在當年及以後年度分期扣除的特別規則。新企業所得稅法明確對企業實際發生的與取得收入有關的、合理的支出允許稅前扣除的壹般規則，同時明確不得稅前扣除項目的禁止扣除規則，又規定了允許扣除的特殊項目。這些壹般扣除規則、禁止扣除規則和特殊扣除規則，構成了我國企業所得稅制度稅前扣除的壹般框架。
新的企業所得稅法及其實施條例中采取稅前扣除壹般框架的安排，可以避免將企業所有的支出項目壹壹列舉，同時給納稅人、稅務機關和司法部門提供壹個合理的框架，簡化了對扣除項目的定性工作。
5.稅前扣除的相關性和合理性原則
相關性和合理性是企業所得稅稅前扣除的基本要求和重要條件。實施條例規定，支出稅前扣除的相關性是指與取得收入直接相關的支出。對相關性的具體判斷壹般是從支出發生的根源和性質方面進行分析，而不是看費用支出的結果。如企業經理人員因個人原因發生的法律訴訟，雖然經理人員擺脫法律糾紛有利於其全身心投入企業的經營管理，結果可能確實對企業經營會有好處，但這些訴訟費用從性質和根源上分析屬於經理人員的個人支出，因而不允許作為企業的支出在稅前扣除。
同時，相關性要求為限制取得的不征稅收入所形成的支出不得扣除提供了依據。實施條例規定，企業的不征稅收入用於支出所形成的費用或財產，不得扣除或計算對應的折舊、攤銷扣除。由於不征稅收入是企業非營利性活動取得的收入，不屬於企業所得稅的應稅收入，與企業的應稅收入沒有關聯，因此，對取得的不征稅收入所形成的支出，不符合相關性原則，不得在稅前扣除。
實施條例規定，支出稅前扣除的合理性是指符合生產經營活動常規，應當計入當期損益或者有關資產成本的必要和正常的支出。合理性的具體判斷，主要是發生的支出其計算和分配方法是否符合壹般經營常規。例如企業發生的業務招待費與所成交的業務額或業務的利潤水平是否相吻合，工資水平與社會整體或同行業工資水平是否差異過大。
6.工資薪金支出的稅前扣除
新企業所得稅法第八條規定，企業實際發生的與取得收入有關的、合理的支出，包括成本、費用、稅金、損失和其他支出，準予在計算應納稅所得額時扣除。據此，實施條例規定，企業發生的合理的工資薪金支出，準予扣除。同時將工資薪金支出進壹步界定為企業每壹納稅年度支付給在本企業任職或者受雇的員工的所有現金或者非現金形式的勞動報酬，包括基本工資、獎金、津貼、補貼、年終加薪、加班工資，以及與任職或者受雇有關的其他支出。
對工資支出合理性的判斷，主要包括兩個方面。壹是雇員實際提供了服務；二是報酬總額在數量上是合理的。實際操作中主要考慮雇員的職責、過去的報酬情況，以及雇員的業務量和復雜程度等相關因素。同時，還要考慮當地同行業職工平均工資水平。
7.職工福利費的稅前扣除
實施條例規定，企業發生的職工福利費支出，不超過工資薪金總額14％的部分，準予扣除。這與原內、外資企業所得稅對職工福利費的處理做法壹致。目前，我國發票管理制度尚待完善、發票管理亟待加強，納稅人的稅法遵從意識有待提高，對職工福利費的稅前扣除實行比例限制，有利於保護稅基，防止企業利用給職工搞福利為名侵蝕稅基，減少稅收漏洞。
8.業務招待費的稅前扣除
業務招待是正常的商業做法，但商業招待又不可避免包括個人消費的成份，在許多情況下，無法將商業招待與個人消費區分開。因此，國際上許多國家采取對企業業務招待費支出在稅前"打折"扣除的做法，比如意大利，業務招待費的30%屬於商業招待可在稅前扣除，加拿大為80%，美國、新西蘭為50%.借鑒國際做法，結合原稅法按銷售收入的壹定比例限制扣除的經驗，同時考慮到業務招待費管理難度大，堅持從嚴控制的要求，實施條例規定，將企業發生的與生產經營活動有關的業務招待費，按照發生額的60％扣除，且扣除總額全年最高不得超過當年銷售（營業）收入的5‰。
9.廣告費和業務宣傳費的稅前扣除
過去，內資企業對廣告費和業務宣傳費支出分別實行比例扣除的政策，外資企業則允許據實扣除。實施條例第四十四條規定，企業每壹納稅年度發生的符合條件的廣告費和業務宣傳費支出合並計算，除國務院財政、稅務主管部門另有規定外，不超過當年銷售（營業）收入15％的部分，準予扣除；超過部分，準予在以後納稅年度結轉扣除。這主要考慮：壹是許多行業反映，業務宣傳費與廣告費性質相似，應統壹處理；二是廣告費和業務宣傳費是企業正常經營必須的營銷費用，應允許在稅前扣除；三是廣告費具有壹次投入大、受益期長的特點；四是目前我國的廣告市場不規範，有的甚至以虛假廣告欺騙消費者。實行每年比例限制扣除，有利於收入與支出配比，符合廣告費支出壹次投入大、受益期長的特點，也有利於規範廣告費和業務宣傳費支出。
10.公益性捐贈的稅前扣除
允許公益性捐贈支出按壹定比例在稅前扣除，主要是為了鼓勵企業支持社會公益事業，促進我國社會公益事業的發展。新企業所得稅法規定，企業發生的公益性捐贈支出，在年度利潤總額12％以內的部分，準予在計算應納稅所得額時扣除。
實施條例將公益性捐贈界定為，企業通過公益性社會團體或者縣級以上人民政府及其部門，用於《中華人民***和國公益事業捐贈法》規定的公益事業的捐贈。同時規定，將計算公益性捐贈扣除比例的基數由應納稅所得額改為企業會計利潤總額，並將年度利潤總額界定為企業依照國家統壹會計制度的規定計算的年度會計利潤。這樣更方便公益性捐贈稅前扣除的計算，有利於納稅人正確申報，體現了國家對發展社會公益性事業的支持。
11.資產稅務處理的原則
考慮到過去在資產取得、持有、使用、處置等稅務處理上稅法與財務會計制度存在壹定的差異，並且主要是時間性差異，納稅調整繁瑣，稅務機關稅收執行成本和納稅人遵從成本都較高，實施條例在資產稅務處理的規定上，對資產分類、取得計稅成本等問題，盡量與財務會計制度保持壹致，比如固定資產取得計稅成本與會計賬面價值基本保持壹致、殘值處理壹致，只是在折舊年限上有所差異，這樣可以降低納稅人納稅調整的負擔。
在企業重組的所得稅處理方面，考慮到目前企業重組形式多樣，發展變化較快，所得稅處理較為復雜，很難用幾個簡單條款把企業重組的所有形式都規範清楚，有些規定還需要根據實際經驗作適當調整，為保持實施條例的穩定性，實施條例第七十五條只對企業重組所得稅處理內容進行了原則性概括，具體規定將在部門規章中明確。