常熟市國稅系統***設內設機構6個、事業單位1個。 內設機構6個，級別為正股級。
（1）辦公室
制定局機關和本系統的年度工作計劃及長遠發展規劃；處理局機關日常政務，起草和審核有關文件和報告；負責綜合性會議組織、秘書事務、文電處理、文書檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息、稅收宣傳工作；負責組織稅收科研、學術交流和科研成果的鑒定、評選、推廣及獎勵工作；制定辦公規章制度；負責機關行政事務、後勤保障工作；負責局機關和本系統目標管理考核及督查督辦工作；組織實施綜合行政管理信息系統；辦理人大代表建議、政協委員提案；協助領導對有關工作進行綜合協調；承辦領導交辦的其它工作。
（2）政策法規科
負責流轉稅、所得稅等稅種的稅政業務；管理增值稅專用發票；負責金稅工程流轉稅業務的管理、推廣應用及認證報稅、數據采集、稽核管理工作；負責增值稅等稅種的納稅評估、日常稽核和日常管理性檢查工作；負責涉稅法律事務；負責組織對稅收法律、法規執行情況進行日常管理性監督檢查；承辦重大稅收案件的審理和行政處罰、聽證工作；負責稅務行政訴訟和行政復議等事項；承辦領導交辦的其它工作。
（3）收入核算科
負責稅收計劃管理、稅收會計、統計等信息數據的統計和分
析工作；負責編制和分配稅收計劃、指導組織收入工作，進行稅收預測分析，負責稅款征收信息的集中處理和會計核算工作，組織並檢查稅款征收、解庫、提退等制度的執行；負責稅源資料的調查和測算，監控重點稅源；負責稅收票證的管理；承擔綜合稅收風險分析；負責財務管理工作；承辦領導交辦的其它工作。
（4）征收管理科
負責組織實施綜合性稅收征管法律、法規和規章制度，處理執行稅收征管法規、條例中的有關事項；負責稅務登記、納稅申報、稅款征收和稅收資料等的管理；牽頭組織對征管質量的綜合考核；負責組織征管軟件的推廣和應用；牽頭負責納稅評估的組織實施和指導、協調、管理工作；負責納稅服務的組織、管理工作；承擔納稅遵從狀況分析、征管程序性風險分析；承擔在本市範圍內與地稅、工商、統計、電力等部門開展信息交換；與外地國稅機關協作開展發票逆查、非正常戶配對等交互工作；承擔稅收風險的等級排序管理；承擔風險管理相關工作的紮口管理；承辦領導交辦的其它工作。
（5）人事教育科
研究和執行人事管理制度；負責機構、編制、任免、考核、調配、交流、辭職辭退、工資福利、專業技術職務等人事管理工作;負責離退休幹部及提前離崗人員的管理和服務；負責思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育培訓管理工作；負責機關和系統外事工作；負責黨建、***青團和婦聯工作；負責機關和直屬單位的黨群工作；承擔機關思想政治工作和精神文明建設；承擔入黨積極分子的教育培訓考察工作及發展黨員工作；承辦領導交辦的其它工作。
加掛機關黨委辦公室牌子。
（6）監察室
負責貫徹執行黨和國家的路線方針及稅收法律、法規情況的監督檢查；負責黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作；負責執法監察和糾風工作；負責信訪舉報、違法違紀案件工作；負責系統作風效能建設；承辦領導交辦的其它工作。紀檢組與監察室合署辦公，兩塊牌子，壹套班子。
（7）辦稅服務廳
組織、協調和指導本系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織落實納稅人權益保障規章制度及規範性文件；組織協調、實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；指導稅收爭議的調解；承擔12366熱線、網站納稅服務欄目、短信系統的運行管理工作。
加掛“納稅服務科”牌子（暫與征收管理科合署辦公，兩塊牌子，壹套班子）。
辦稅服務廳暫由第壹稅務分局負責日常管理，受理壹、九分局窗口業務。 事業單位為信息中心，級別為正股級。
負責組織稅收管理、綜合行政管理等信息系統建設；執行信息系統管理制度和技術標準；建立、管理和維護計算機網絡與涉稅信息等綜合數據庫；參與組織應用軟件開發和稅控器具的推廣、應用及技術培訓；根據工作需要，對征管數據進行質量審核、加工處理、綜合分析等；負責網絡及系統安全管理工作；承辦領導交辦的其它工作。