在電子稅務局辦理三方協議的流程為：第壹步：在我要辦稅-綜合信息報告-制度信息報告選擇“存款賬戶賬號報告”模塊提交銀行存款報告信息；
第二步：在我要辦稅-綜合信息報告-制度信息報告選擇“網簽三方協議”模塊選擇存款賬戶，新增授權（委托）劃款協議，獲取三方協議號，進行驗證即可。
法律依據：《稅收征管法》第十九條 納稅人、扣繳義務人按照有關法律、行政法規和國務院財政、稅務主管部門的規定設置帳簿，根據合法、有效憑證記帳，進行核算。
《稅收征管法》第二十條 從事生產、經營的納稅人的財務、會計制度或者財務、會計處理辦法和會計核算軟件，應當報送稅務機關備案。
納稅人、扣繳義務人的財務、會計制度或者財務、會計處理辦法與國務院或者國務院財政、稅務主管部門有關稅收的規定抵觸的，依照國務院或者國務院財政、稅務主管部門有關稅收的規定計算應納稅款、代扣代繳和代收代繳稅款。
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