分公司可以作為壹個獨立的會計個體建賬核算。總公司給分公司的款項壹般在公司的往來賬上反映，如“其他應付款--總公司”等。
所得稅的繳納實行“統壹計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的辦法，
二級分支機構及其下屬機構均由二級分支機構集中就地預繳企業所得稅;
三級及以下分支機構不就地預繳企業所得稅，其經營收入、職工工資和資產總額統壹計入二級分支機構。
總機構和分支機構應分期預繳的企業所得稅，50%在各分支機構間分攤預繳，50%由總機構預繳。
總機構預繳的部分，其中25%就地入庫，25%預繳入中央國庫，按照財預[2008]10號文件的有關規定進行分配。各分支機構應在每月或季度終了之日起15日內，就其分攤的所得稅額向所在地主管稅務機關申報預繳。