農村信用社會計科目的賬務處理主要如下：
壹、發放貸款：
代理社：
借：貸款類科目，
貸：活期存款—企業戶，
成員社：
借：貸款類科目，
貸：存放聯社款項，
代理社收到劃來的款項後：
借：聯社存放款項，
貸：活期存款—企業戶，
二、收回貸款本金及利息：
代理社：
借：活期存款—企業戶，
貸：貸款科目利息收入聯社存放款項，
成員社：
借：存放聯社款項，
貸：貸款科目利息收入，
貸款發生逾期占用形態發生改變按相應辦法結轉。
以上假設條件：代理社為聯社營業部，且各信用社在營業部開設結算賬戶，科目使用1124存放聯社款項和2323聯社存放款項。