1、對象不同：政府審計檔案管理是指政府機構對各種組織和單位的經濟活動進行審計，而會計檔案管理是指企業會計部門對公司的會計憑證、會計賬簿等進行歸檔和管理。
2、目的不同：政府審計檔案管理主要目的是保證機關事務的規範性、合法性和合理性，維護國家的財政利益和社會公***利益，而會計檔案管理主要目的是保障企業的會計憑證和會計賬簿真實、完整、準確、合法，為管理者提供參考依據。