確定目標企業後，雙方最關心的問題是從可持續經營的角度合理估計目標企業的價值，並以此作為交易的底價，這是並購成功的基礎。
目標企業的估值取決於M&A企業對其未來自由現金流和時間的預測。由於預測不當，目標企業的價值評估可能不準確，從而導致M&A公司的估值風險。風險的大小取決於M&A公司使用的信息質量，而信息質量取決於以下因素:目標企業是上市公司還是非上市公司；M&A企業是善意收購還是惡意收購；準備合並的時間；從目標企業被審計到並購的時間長短。換句話說，目標企業價值的評估風險基本上取決於信息不對稱的程度。由於我國會計師事務所提交的審計報告水分很大，上市公司的信息披露並不充分。嚴重的信息不對稱使M&A企業很難非常準確地判斷目標企業的資產價值和盈利能力，並可能在定價中接受高於目標企業價值的收購價格，導致M&A企業為交易付出更多的資金或更多的股權。M&A企業可能因為資產負債率過高，目標企業無法帶來預期利潤而陷入財務困境。
流動性風險
流動性風險是指並購後由於債務負擔過重、短期融資不足而導致支付困難的可能性。流動性風險在采用現金支付的M&A企業中尤為突出。因為現金收購企業首先考慮的是資產的流動性，流動資產和速動資產質量越高，流動性越高，企業就越能快速順利地獲得收購資金。同時也說明M&A活動占用了企業大量的流動性資源，從而降低了企業對外部環境變化的快速反應和調整能力，增加了企業的經營風險。如果自有資金投入不多，企業必然會采用借款的方式。通常目標企業的資產負債率過高，使得並購後企業的負債率和長期負債急劇上升，降低了資金的安全性。如果收購方融資能力較差，現金流安排不當，流動性比率也會大幅下降，影響其短期償債能力，給收購方帶來資產流動性風險。
(三)融資風險
M&A的融資風險主要是指能否按時足額籌集到資金以保證並購的順利進行，如何利用企業內外部資金渠道在短期內籌集到所需資金是M&A活動成功的關鍵。
M&A對資金的需求決定了企業必須綜合考慮各種融資渠道。如果企業的並購只是暫時持有，適當轉型後再出售，需要投入相當數量的短期資金才能達到目的。此時可以選擇資金成本相對較低的短期借款方式，但還本付息負擔較重。如果當時企業安排不當，就會陷入財務危機。如果收購方希望長期持有目標公司，則需要根據目標公司的資本結構及其持續經營對資金的需求，確定籌集收購資金的具體方式。M&A企業應根據目標企業債務償還期的長短維持正常營運資金，使投資回收期與貸款種類相匹配，合理安排資本結構。例如，需要短期融資來維持目標公司的正常經營，用長期負債和股東權益來籌集購買企業所需的其他資本投資。在M&A企業不出現融資危機的前提下，盡可能降低資金成本，使資本結構趨於合理。