(1)會計責任和審計責任的實質不同。會計責任是被審計單位在經濟管理活動中，為保證資產的安全完整和會計資料的真實可靠而應負的直接責任。但審計責任是註冊會計師在經濟監督活動中，為揭露被審計單位會計報表的重大錯誤和舞弊，提高會計信息的質量，負有的更高層次的責任（因為如果註冊會計師在審計的過程中按規範進行審計，就會大大降低甚至消除會計責任的危險）。因此，當會計報表出現問題時，在追究被審計單位會計責任的同時，要更加嚴格地追究作為高層次監督活動的審計責任。
(2)會計責任和審計責任的具體內容不同。會計責任的具體內容包括：建立健全內部控制制度，保護資產的安全完整，對會計報表項目的存在和發生、完整性、權利和義務、估價和分攤、表達和披露進行認定；而審計責任包括：註冊會計師出具的審計報告應如實反映審計範圍、審計依據、已實施的審計程序和應發表的審計意見、審計報告的編制和出具必須符合《註冊會計師法》和獨立審計準則的規定，對會計報表總體的合理性、所列金額的真實性、完整性、所有權、估價、分類、交易截止和報表披露的公允性進行評價和判斷。可見審計責任主要是對被審計單位履行會計責任的情況進行評價。
(3)會計責任和審計責任的承擔者不同。會計責任的承擔者包括：企業管理當局、企業主要負責人和業務主管、會計人員和相關人員。而審計責任的承擔者包括：會計師事務所、註冊會計師和合夥人，兩者有明顯的差別。