根據上述職責，市財政局設22個內設機構。
（壹）辦公室。負責政務和有關事務的綜合協調工作；負責文電、會務、機要、檔案等工作；承擔綜合性文稿起草、政策研究、信息、宣傳、安全、保密、信訪、政務公開等工作；負責重大政策、局內重要工作和領導交辦重要事項等的督辦工作；承擔機關和部分直屬單位的財務、政府采購、國有資產管理工作。
（二）人事科。負責機關和直屬單位的人事和機構編制管理工作；調查研究全市財政系統幹部隊伍建設狀況；制定並組織實施全市財政系統的教育培訓規劃，指導全市財政系統幹部教育工作。
（三）綜合科（清理規範津貼補貼辦公室）。參與涉及財政的各項改革工作；會同有關方面擬訂土地、礦產等國有資源收入政策；負責國有土地使用權出讓收支管理；負責住房保障資金的收支管理；負責編制國有土地使用權出讓收支預算和住房公積金收支預算；負責住房公積金收支監管；擬訂政府非稅收入管理制度和政策；承擔彩票管理的有關工作；負責對所聯系部門（單位）的財務管理和專項資金使用情況進行跟蹤問效和監督管理；承擔規範公務員津貼補貼的相關工作。
（四）預算編制局。研究提出財政政策、預算管理制度和中長期財政規劃的建議；負責全市收支預算編制的指導、監督和管理；預測全市財政收支情況，提出預算編制的總體要求和建議；承擔市直部門預算審核、批復、調整工作；承擔市直部門支出標準體系建設及項目庫管理工作；承擔轉移支付工作，匯總全市財政預算，負責編制全市年度財政決算草案並報市人大常委會審查；承擔向市人大預算工作部門的有關匯報、聯絡工作等；負責全市財政預算內行政、事業單位和社會團體的非貿易外匯管理。
（五）國庫科。研究擬訂全市國庫管理制度和管理總預算會計核算；負責市級財政資金調度和財政資金的監督核算工作；負責財政預算執行，跟蹤分析全市財政預算執行情況；負責審核匯總全市和市級年度財政總決算和部門決算；指導和監督市級國庫現金管理的有關工作；統壹管理市級財政的銀行賬戶，負責預算單位銀行開戶的審批工作；研究推行國庫集中收付制度，對縣市區財政國庫管理制度改革工作進行指導；負責財政統壹發放工資工作；負責與財政審計有關的工作。
（六）財政監督檢查局。擬訂財政監督檢查的政策和制度；監督財稅法規、政策的執行情況；檢查反映財政收支管理中的重大問題，提出加強財政管理的政策建議；依法糾正和查處違反財政、財務、會計法律、法規、制度的行為；負責全市會計信息質量和註冊會計師行業執業質量的行政監督檢查和行政處罰工作；負責監督檢查市級財政專項資金、重點建設項目資金使用情況和績效；負責市級政府投資建設項目評審報告復審工作；指導財政監督檢查辦事處業務工作。
（七）行政政法科。負責全市行政、政法部門的財務管理，擬定行政單位財務管理制度，研究提出行政性經費開支標準和定額；審核所聯系部門（單位）年度決算；研究提出財政支持的項目，對項目資金的使用情況進行追蹤問效和監督管理；承擔全市統壹著裝管理工作。
（八）教科文科。負責教育、科技、文化、體育、計生等部門的財務管理，提出經費開支標準和定額建議，擬定財務管理辦法，並對執行情況進行監督；承擔市級國有文化企業資產和財務管理的有關工作；審核所聯系部門（單位）年度決算，研究提出財政支持的項目，並監督項目資金的使用情況。
（九）經濟建設科。負責發展改革、環保、住房和城鄉建設、交通運輸、安監等部門的財務管理，研究提出相關財政政策，審核所聯系部門（單位）的年度決算；參與擬訂市本級建設投資的有關政策；擬訂基本建設財務管理制度；審批市級政府投資基本建設項目竣工財務決算；負責對所聯系部門（單位）專項資金的使用情況進行跟蹤問效和監督管理。指導政府投資的基建招投標標底和工程預（結）算的審查工作。
（十）農業科。負責農業、林業、水利等部門的財務管理，貫徹落實國家、省、市有關支農惠農強農政策；研究提出我市財政支農有關政策的建議；擬訂財政支農資金管理辦法；管理財政支農資金和財政扶貧資金；審核所聯系部門（單位）年度決算；負責對所聯系部門（單位）支農專項資金的使用情況進行跟蹤問效和監督管理等。
（十壹）社會保障科。負責人力資源和社會保障、民政、衛生等有關部門的財務管理；會同有關方面擬訂和執行有關資金（基金）財務管理制度；監督管理市級財政社會保障、就業及醫療衛生支出；負責對所聯系部門（單位）專項資金（基金）的使用情況進行跟蹤問效和監督管理；編制市級社會保障預決算草案；審核全市社會保險基金預決算草案。
（十二）稅政與條法科。承擔稅收法規和政策的貫徹落實工作；負責地方稅源調查工作及稅款退付的審查工作；承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作；承擔財政法制宣傳教育工作；承擔有關行政復議、行政應訴工作；承擔國家賠償費用的管理工作。
（十三）企業科。承擔國有資產監督管理、工業和信息化等方面的部門預算有關工作，負責對所分管的各項專項資金使用情況進行跟蹤問效和監督管理；研究提出支持全市企業改革和發展的財政政策；負責制定國有資本經營預算制度，編制市級國有資本經營預算，審核和匯總編制全市國有資本經營預決算草案，收取市本級企業國有資本收益；研究提出市級財政支持有關行業的政策；組織實施企業財務制度及企業財務會計報告編制辦法；參與擬定企業國有資產管理相關制度；按規定管理資產評估工作。
（十四）金融貿易科。負責商業流通、糧食、物資、供銷等部門的財務管理；負責有關政策性補貼、專項儲備資金及地方政策性保險補貼資金的發放和監督管理工作；負責公物拍賣企業資格年檢及申報工作；負責對所聯系部門（單位）專項資金（基金）的使用情況進行跟蹤問效和監督管理；承擔財政政策與貨幣政策協調配合的研究工作；擬訂地方金融類企業財務管理制度和地方政策性保險有關政策，按規定管理地方政策性金融業務；制定地方擔保行業財政、財務有關政策、制度並組織實施。
（十五）基層財政管理科（焦作市農村綜合改革工作辦公室）。負責指導鄉鎮財政對各項惠農補貼和農村基礎設施、公益事業發展財政投入的監督管理；負責貫徹執行中央、省委、省政府和市委、市政府有關農村綜合改革的方針、政策，起草農村綜合改革規劃、方案和重大政策措施；研究解決有關農村稅費改革遺留問題；研究提出完善鄉鎮財政職能以及建立健全鄉村政權組織運轉經費保障機制的意見；研究制定化解鄉村債務的措施，組織開展化解鄉村債務工作；負責國有農場稅費改革；負責村級公益事業建設有關工作；負責全市農村稅費改革轉移支付資金落實情況的監督檢查；配合有關部門深化農村義務教育管理制度改革，加強涉農收費管理，提出建立減輕農民負擔長效機制的政策建議等。
（十六）債權債務科。統壹管理政府內、外債務、債權；編制政府債務預決算；對全市政府債務進行監控；負責外國政府貸款、贈款的全過程管理，承擔項目申請、評審、對外談判、磋商、簽約、轉貸（贈）以及國際金融組織貸（贈）款資金及財務管理和監督工作；承擔政府國外貸款資金的回收、償還和還貸準備金的管理工作；對外國政府貸款項目執行機構實施項目的工作進行監督管理。
（十七）會計科。組織實施國家會計法律、法規、規章、制度；管理全市會計從業資格；承擔全市會計專業技術資格考試組織工作；負責代理記賬機構的行政審批及日常監督管理工作；指導全市會計電算化、信息化工作。
（十八）行政事業資產管理科（市政府清產核資辦公室）。負責制定全市行政事業單位國有資產管理制度，並對執行情況進行監督檢查；負責對全市行政事業單位公務用車定編管理等工作進行指導和監督；負責市本級行政事業單位國有資產配置、處置、調劑、出租、出借和事業單位對外投資的審批和監督管理；制定資產配置標準和相關費用標準，審核編制資產購置預算和審批購置事項；負責市本級行政事業單位產權登記、產權界定、產權糾紛調處、資產清查等工作；指導全市行政事業單位國有資產及城鎮集體資產的監督管理工作；負責全市清產核資工作。
（十九）績效管理科（焦作市政府公物倉管理中心）。擬訂本市財政支出績效評價的有關政策、制度、辦法及指標體系和評價標準，組織開展財政支出績效評價工作，依據評價結果提出核定和調整部門預算的意見；負責制定政府公物倉資產管理制度，對市本級政府公物倉資產進行配置、收繳、調撥、使用和處置，負責政府公物倉的倉儲管理、財務管理和會計核算，收繳資產處置收益，負責管理公物倉資產信息平臺。
（二十）焦作市農業綜合開發辦公室。擬訂全市農業綜合開發的政策及項目、資金、財務管理制度；編制全市農業綜合開發中長期發展規劃；負責中低產田改造規劃和年度實施計劃編制工作；管理土地治理和產業化項目；負責農業綜合開發資金的統籌使用和管理；組織實施農業綜合開發項目並檢查項目落實情況。
（二十壹）行政事項服務科。負責統壹受理（辦理）送達行政許可事項；負責審核受理材料，催辦督辦有關行政事項辦理進度，協調相關科室及部門處理許可事項報批過程中的有關問題。依據法律、法規和規章規定，承辦對下列事項的許可審批：1.會計從業資格證書核發；2.罰款沒收財務許可證、執罰公務證核發；3.壹般增值稅退稅審批；4.行政事業單位國有資產處置、非經營性資產轉經營性資產、產權變動登記審批；5.資產評估機構的設立審核。
（二十二）離退休幹部工作科。負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。