（壹）預算收入的退付
國庫收到財政或征收機關發來的預算收入退還書電子信息、紙質憑證和相關審批文件、資料後，將紙質憑證與電子信息進行匹配並核對相關要素，匹配或核對有誤的，通知簽發機關做相應修正；匹配和核對無誤的，國庫審核相應文件資料。審核發現有誤或本級庫款不足退付的，將預算收入退還書電子信息、紙質憑證退回原簽發機關；審核確認無誤的，辦理退庫手續，並在退付事項的原始繳款書電子信息上做退庫標記，同時登記預算收入登記簿（紅字）和預算收入退庫登記簿，紙質收入退還書付出憑證聯作記賬憑證或附件，報查聯加蓋業務轉訖印章後退簽發機關，付款通知聯加蓋業務轉訖印章後隨預算收入日報表送退款的財政機關，同時將已退庫電子信息反饋簽發機關。在取消紙質憑證情況下，國庫直接審核相關文件資料，並打印已退庫電子信息清單作記賬憑證或附件。有退庫申請書的，退庫申請書附在相應紙質收入退還書或電子信息清單後作附件。人民銀行國庫的會計分錄為：
借：待報解中央預算收入等
貸：大額支付往來等
代理國庫的會計分錄為：
借：待結算財政款項－待報解中央預算收入專戶等
貸：存放中央銀行款項等
需要通過同城票據交換劃轉退庫款項的，國庫將簽發機關制作的壹式五聯紙質收入退還書中的收款憑證聯和收賬通知聯，隨同劃款憑證提交收款人開戶行。需要退付現金的，簽發機關在收入退還書電子信息或紙質憑證上註明“退付現金”標識，收款人憑簽發機關簽署的領取現金通知、原完稅證明和有效身份證件到指定銀行領取現金。
國庫制作預算收入日報表時，應根據預算收入登記簿本科目當日紅、藍字發生額的差額填列，收入數大於退付數用藍字反映，退付數大於收入數用紅字（負數）反映。
下級國庫退付上級預算收入，當日收入不足退付時應向上級國庫辦理劃付。人民銀行國庫的會計分錄為：
借：國庫內部往來等
貸：待報解中央預算收入等
代理國庫的會計分錄為：
借：存放中央銀行款項等
貸：待結算財政款項－待報解XX專戶等
（二）預算收入退付退回
1．因國庫自身原因發生預算收入退庫退回的，人民銀行國庫的會計分錄為：
借：大額支付往來等
貸：國庫待結算款項－大額支付往來暫收戶等
代理國庫的會計分錄為：
借：存放中央銀行款項等
貸：待結算財政款項－待處理款項
重新劃出時，經會計主管審批後辦理，人民銀行國庫的會計分錄為：
借：國庫待結算款項－大額支付往來暫收戶等
貸：大額支付往來等
代理國庫的會計分錄為：
借：待結算財政款項－待處理款項
貸：存放中央銀行款項等
2．因收入退還書憑證錯誤等原因發生退庫退回的，國庫制作壹式二聯轉賬貸方憑證，壹聯作報解入庫的記賬憑證，並以收到的資金結算憑證收款聯或紙質收入退還書收款憑證聯作記賬憑證附件，壹聯隨紙質收入退還書收賬通知聯退原簽發機關，同時登記預算收入登記簿和預算收入退庫登記簿（紅字）。人民銀行國庫的會計分錄為：
借：大額支付往來等
貸：待報解中央預算收入等
代理國庫的會計分錄為：
借：存放中央銀行款項等
貸：待結算財政款項－待報解XX專戶等
重新退付時，按正常退庫處理。
（三）預算收入退付的結轉入庫
預算收入退庫與預算收入壹並結轉入庫，若當日沒有預算收入或當日的退庫大於收入時，總庫的會計分錄為：
借：中央預算收入
貸：待報解中央預算收入
人民銀行各分支庫的會計分錄為：
借：地方財政庫款
貸：待報解地方預算收入－XX戶等
代理國庫的會計分錄為：
借：地方財政庫款
貸：待結算財政款項－待報解XX專戶等