中國註冊會計師協會的最高權力機構是全國代表大會，它選舉理事會。理事會選舉主席、副主席和常務理事會，理事會下設若幹專門委員會和專業委員會。常務理事會在理事會閉會期間行使其職權。協會有壹個秘書處作為其常設執行機構。
中國註冊會計師制度創建於1918，恢復重建於1980。1986年7月，國務院頒布了《註冊會計師條例》，1993年6月，第八屆全國人民代表大會第四次會議通過了《註冊會計師法》，並於1994年6月實施，使我國註冊會計師行業的管理和發展法制化。
1999年末，根據國家對社會中介機構發展的產業政策和相關要求，註冊會計師行業率先完成了中介服務機構的脫鉤改制工作。會計師事務所原隸屬於政府部門、企事業單位，脫鉤改制為獨立經營、自主管理、自律自擔風險的由執業人員發起的獨立中介機構。