《工業企業會計制度》和《商品流通企業會計制度》雖然在會計科目的設置和會計報表的內容格式上基本相同，但兩者還是有很大的區別。
會計處理的主要差異:
①存貨核算的差異。
②成本核算的差異。
工業企業的成本核算方法主要有個別計價法、品種法、分批法和分步法。施工企業的成本核算方法主要采用項目法。商業企業的成本核算方法比較特殊，壹般采用零售價法。
在成本結轉方法上，工業企業的成本結轉是在產品和產成品之間分攤各自的成本，所以成本結轉方法有剔除產品成本法、產品成本定額計算法、當量產出法等。施工企業在工程完工前沒有產成品，在產品成本主要按照比例原則結轉，按照收入實現的完成百分比確認成本。
③收益核算和管理的差異。
④貨幣資金與經常項目的區別。
⑤固定資產核算方法的差異。
工業會計比商業會計更復雜。工業會計核算材料入庫、產品生產和銷售的全過程。會計科目涉及材料采購、生產成本、制造成本、管理成本、庫存商品、主營業務成本、主營業務收入等。工業企業應結轉材料、工資和制造費用。商業企業只能結轉工資成本。