首先，設定目標成本的基礎不同
1.配額法。定額成本是根據現行定額、計劃單位成本和子成本項目(即原材料成本、生產工資成本和制造成本)制定的。
2.標準成本法。標準成本的制定是靈活的，通常包括理想標準成本、正常標準成本、現行標準成本和基本標準成本。標準成本的制定通常從直接材料成本、直接人工成本和制造成本三個方面入手。但與定額法不同的是，直接材料費用包括兩個方面:標準用量和標準單位成本；直接人工成本包括標準消耗和工資率(按小時計酬時)；制造費用分為可變制造費用和固定制造費用兩部分，按照標準消耗和標準分配率計算。
第二，確定目標成本的定額的穩定性不同。
1.配額法。因為定額成本所依據的消耗定額是現行定額，是當時生產技術條件下企業在各種消耗中應達到的標準，任何生產技術的變化都要對現行定額進行修訂。也就是說，定額法下的定額是有可能發生變化的，所以要設計壹套定額變化的計算方法，來計算定額變化的趨勢和金額。例如，通過按新定額計算的單位產品成本與按舊定額計算的單位產品成本的比值來確定系數，以此來計算定額變動的差額。
2.標準成本法。標準成本是有效運作條件下的壹種目標成本，也叫“應成本”。它具有很強的穩定性和約束性，壹般固定在壹個會計年度內，不需要設計相應的方法來計算其變動差異。
三、實際成本與目標成本的差異以不同的方式揭示出來。
1.配額法。與定額的差異是指生產過程中各種生產費用的實際支出偏離現行定額或預算的數額。定額法下的差額，是通過各個取得或加工環節來揭示，通過差額憑證來體現的。例如:從定額計算原材料的差異有三種方法:定額法、削減核算法、存貨法，其中定額法下的差異憑證包括超額申請和代用領料單。定額法很細，工作量也挺大。
2.標準成本法。標準成本法往往是根據壹定時期內實際產出的實際消耗和實際價格以及實際產出的標準消耗和標準價格的計算比較來揭示差異，並沒有專門的差異憑證。如果僅用公式計算材料成本差異，即材料成本差異=實際價格×實際消耗-標準價格×標準消耗。標準成本法的工作量相對較小，但找出差異原因的工作不是很細致。
四、實際成本與目標成本的差異設定程度不同。
1.配額法。定額法下的差異主要有:與定額的差異(即材料、生產工資、制造費用與定額的差異)、原材料或半成品成本的差異、定額變動的差異，設置口徑比較粗。
2.標準成本法。標準成本法下的差異主要包括偏離標準成本的差異，包括四大項九種，分別是材料成本差異(材料消耗差異和材料價格差異)、直接人工成本差異(直接人工工資率差異和直接人工效率差異)、可變制造費用差異(可變制造費用差異和可變制造費用效率差異)和固定制造費用差異(固定制造費用能力差異、固定制造費用效率差異)。
五、實際成本與目標成本差異的會計處理不同。
1.配額法。在定額法下，成本差異的核算相對簡單，只核算各種成本項目的差異，而不是對各種成本差異單獨建賬，而是與定額成本在同壹個成本明細賬中核算。
2.標準成本法。在標準成本法下，各種成本差異應設置許多總賬賬戶，如:對於材料成本差異，應設置“材料價差”和“材料消耗差異”賬戶；對於固定制造費用差異，應設置“固定制造費用差異、固定制造費用能力差異、固定制造費用效率差異”等科目，並在利潤表中詳細列示。
六、實際成本和目標成本的差異分配方法不同。
1.配額法。在定額法下，成本差異要在各種產品、產成品和在產品之間進行分配。具體方法是:根據在產品采用固定比率法或定額成本法，在完工產品和月末在產品之間進行分配。材料成本差異壹般全額計入產成品成本，定額變動的差異壹般按定額比例在月末產成品和在產品之間分配，或者在差異金額較小時全額計入產成品成本。
2.標準成本法。在標準成本法下，各種差異分別歸集在不同的賬戶中，年終進行處理，或轉換為銷售產品的成本，或直接計入損益。具體方法是:將本期差異按標準成本的比例分配到期末在產品、期末庫存產成品和本期銷售產品中；或者將當期的所有差額計入當期損益。中國和西方國家大多采用第二種方法。
七、提供不同的產品成本信息。
1.配額法。在定額法下，定額變動的差額應分攤到產品成本，定額成本應調整到實際成本。換句話說，定額法下提供的產品成本是實際成本數據，產成品和在產品以實際成本列示在資產負債表中。
2.標準成本法。在標準成本法下，產品的實際成本按標準成本列示。實際成本和標準成本的差異只能改善管理。所以壹般只計算產品的標準成本，不計算產品的實際成本。產成品和在產品在資產負債表上以標準成本列示。這是標準成本法和定額法的根本區別。
八、提供不同詳細程度和側重點的管理信息。
1.配額法。定額法下，根據成本報告的要求，將成本劃分為各種成本項目，強調對材料成本的控制，在日常核算中應以各種憑證揭示材料數量；其他費用通過比較實際金額和預算金額來計算。
2.標準成本法。在標準成本法下，必須將成本分為變動成本和固定成本，以區分哪些責任由采購部門承擔(如材料成本差異)，哪些責任由車間承擔(如材料數量差異)，哪些責任由生產部門承擔(如固定成本和產量差異)。資料詳實系統，強調綜合管理，有利於職能部門和生產車間分清責任，相互配合，有利於經濟責任制的建立。