第二,是會計信息系統應用程序審計。審計內容主要圍繞軟件的應用程序設計功能是否完善、標準是否可靠,是否具備必要的會計信息處理功能,是否符合相關法律法規要求,是否人為故意地留有後門程序等,因而也是會計信息系統審計的重要內容。
第三,是會計基礎信息系統數據、信息、資料的審計。同傳統審計內容類似,其途徑是通過計算機對相關原始憑證、財務報表、會計賬簿等進行審計,確保電子數據的真實有效、可靠完整。