生態學是根據所研究的生物類別來劃分的。
有微生物生態學，植物生態學，動物生態學，人類生態學等等。
生物系統的結構層次
有個體生態學，種群生態學，群落生態學，生態系統生態學。
生活環境分類
有陸地生態和水生態；前者可分為森林生態、草原生態、荒漠生態和土壤生態，後者可分為海洋生態、湖泊生態和流域生態。還有更細致的劃分，如植物根際生態學、腸道生態學等。生態學與非生命科學的結合包括數學生態學、化學生態學、物理生態學、地理生態學、經濟生態學、生態經濟學、森林生態會計學等。結合生命科學的其他分支，有生理生態學、行為生態學、遺傳生態學、進化生態學、古生態學等。應用分支包括:農業生態學、醫學生態學、工業資源生態學、環境保護生態學、環境生態學、生態保護、生態信息學、城市生態學、生態系統服務、景觀生態學等。