《企業財產損失稅前扣除管理辦法》(中華人民共和國國家稅務總局令2005年第13號，以下簡稱“13號令”)規定，財產損失按申報扣除程序可分為自行申報扣除和核定扣除。因銷售、變賣、正常損耗等原因造成的存貨正常損失，證據確鑿，且企業在相關財產損失實際發生的當期，不需要核定。可在企業所得稅前扣除的非正常存貨損失，僅指“自然災害、戰爭等政治事件或人為管理責任等不可抗力”造成的存貨損失。
增值稅方面，根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第十條和《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第二十二條規定，企業非正常虧損購進貨物的進項稅額，不得從銷項稅額中扣除。企業在貨物非正常損失前已實際申報並抵扣所購貨物的增值稅進項稅額的，應當在貨物非正常損失發生的當期轉出該貨物的進項稅額。
在所得稅方面，因“管理不善”而計入“管理費用”的存貨和因“自然災害”而計入“營業外支出”的存貨的非正常損失，只要具備第10號法令認定的證據，經稅務機關審核批準，允許在當期稅前扣除。13，詳情如下:
對於有盤虧的存貨，扣除責任人賠償後的余額，應根據以下證據認定為損失:存貨盤點表、中介機構經濟鑒證證明、存貨保管員對存貨損失的說明、確定盤虧存貨價值的依據(包括相關入庫手續、相同和類似存貨的采購發票價格或其他認定依據)、內部責任認定、責任人賠償說明、內部審批文件；
對於報廢或毀損的存貨，其賬面價值扣除殘值和保險賠償或責任賠償後的余額，應根據以下證據認定為損失:單項或批量金額較小的存貨應由企業內部相關技術部門出具技術鑒定證明，單項或批量金額較大的存貨應取得國家相關技術部門或具有技術鑒定資質的中介機構出具的技術鑒定證明。涉及保險理賠的，應當有保險公司理賠情況的說明。存貨報廢和毀損的說明和批準文件、殘值說明、相關責任說明、責任賠償和企業內部批準文件；
對被盜存貨賬面價值扣除保險理賠和責任賠償後的余額，應根據以下證據認定損失:向公安機關報案記錄、公安機關立案、破案、結案的證明材料、責任人責任認定和賠償情況說明、保險公司保險理賠情況說明。