(1)如果分包商是壹般納稅人，分包商向總承包商開具建築業增值稅專用發票，總承包商可以抵扣進項稅；(2)如果分包商是小規模納稅人，分包商只能向總承包商開具增值施工普通發票，總承包商不能抵扣進項稅。
(3)分包人為個人的，只能在地稅部門開增值稅專用發票，總承包只能抵扣3%；(4)分包商為有關聯關系的壹般納稅人的，總承包商應向關聯方支付工程結算款，並向關聯方索要增值建築業專用發票。
2.總承包商向分包商收取配合費或協調費的開票技巧。由於總承包方基於總承包方向分包方提供的服務向分包方收取協調費或配合費，需要在營改增前向分包方開具服務業營業稅發票，在營改增後開具現代服務業增值稅專用發票(如果分包方為壹般納稅人)或現代服務業增值稅專用發票(如果分包方為小規模納稅人)。
3.總分包商之間違約金和罰款的開票技巧。
(1)總承包商收取分包商違約金的，向分包商開具零稅率的增值稅普通發票；(2)分包商向總承包商收取違約金的，必須向總承包商開具增值稅專用發票，總承包商可以抵扣進項稅額。
(3)總承包商從支付給分包商的工程結算款中扣除分包商應承擔的罰款，向分包商開具零稅率的增值稅普通發票。