國庫收到同級財政機關發送的預算撥款憑證電子信息和紙質憑證後，將紙質憑證與電子信息進行匹配，並核對相關要素。如果匹配或核對有誤，將通知金融機構進行相應的修改；匹配核實無誤的，在同級地方財政庫存結余中辦理預算撥款手續，同時登記預算支出登記簿。紙質憑證壹份作為記賬憑證或附件，壹份返回同級財政。同時，分配的電子信息將反饋給同級財政。取消紙質憑證的，國庫應打印下撥資金電子信息清單作為記賬憑證或附件。
中國人民銀行金庫的會計分錄是:
借:地方財政資金等。
貸款:大額支付交易等。
代理金庫的會計分錄為:
借:地方財政資金
貸款:存放在中央銀行等。
需要通過同城票據交換進行資金劃轉的，由國庫將財政部門填制的壹式四聯預算撥款憑證中的收款憑證和收款通知送上來，連同轉賬憑證壹並提交收款人開戶銀行。
(2)集中支付
國庫辦理集中支付資金結算業務時，應根據財政部門提供的《財政直接支付匯總清算額度通知書》和《財政授權支付匯總清算額度通知書》，分別登記《財政直接支付清算額度登記簿》和《財政授權支付清算額度登記簿》。
1.通過大額支付系統或國庫內部交易進行資金結算集中支付的，國庫對代理行發送的申請憑證和申請匯款匯總表電子信息進行審核，如審核有誤，將電子信息退回代理行；核實無誤的，在支付結算金額和同級地方財政庫存余額內辦理資金結算，並打印壹式三聯申請轉賬憑證(補充)，壹聯作為記賬憑證，二聯交同級財政(壹聯加蓋業務轉賬專用章，另壹聯加蓋業務專用章)。下同)，並發起大額支付交易或內部資金交易，同時核銷支付結算額度登記簿。會計分錄如下:
借:地方財政資金等。
貸款:大額支付交易等。
在不取消紙質憑證的情況下，國庫將在日終前將代理銀行發送的紙質申請憑證與相應的電子信息進行核對。如果支票有誤，將退回代理銀行重新填寫。核對無誤，紙質憑證作為記賬憑證，兩份交同級財政。
2.通過小額支付系統進行資金結算的集中支付，國庫在收到代理行發送的小額支付扣款業務包後，對資金信息和申請匯款匯總清單對應的電子信息進行審核，審核無誤後向代理行發送小額支付扣款回執；核實無誤的，在支付結算金額和同級地方財政庫存余額範圍內辦理資金結算，打印小額支付交易憑證，其中壹聯作為記賬憑證，兩聯交同級財政，開具小額支付交易協議借方收據，同時核銷支付結算金額登記簿。會計分錄如下:
借:地方財政資金等。
貸款:待結算的國庫資金-對待結算賬戶的小額支付。
借:待結算的國庫資金-待結算賬戶的小額付款。
貸款:小額支付交易
3.通過同城票據清算向資金結算進行集中支付的，國庫收到代理行提交的紙質申請匯款憑證後，與相應的紙質申請匯款匯總表或電子信息進行核對。如果檢查有誤，它將向代理銀行發起查詢；核實無誤的，在支付結算額度和同級地方財政庫存余額內辦理資金結算，通過同城票據交換將款項轉入代理銀行，同時核銷支付結算額度登記簿。會計分錄如下:
借:地方財政資金等。
貸款:同城票據交換
4.國庫直接辦理集中支付業務的程序按照有關規定執行。
(3)資金的退還
1.如果由於國庫本身的原因造成已撥資金退回，中國人民銀行國庫的會計分錄為:
借:大額支付交易等。
貸款:國庫待結算資金——大額支付臨時賬戶等。
代理金庫的會計分錄為:
借:從中央銀行存款等。
貸款:待結算財政資金-待處理資金
重新領用時，應經會計主管審批後辦理。中國人民銀行金庫的會計分錄如下:
借方:待結算國庫資金——對暫收款人的大額支付等。
貸款:大額支付交易等。
代理金庫的會計分錄為:
借方:待結算財政資金-待處理資金
貸款:存放在中央銀行等。
2.如果由於預算撥款憑證錯誤、代理銀行申請退款等原因導致已撥資金被退回。，中國人民銀行國庫會計分錄如下:
借方:同城票據交換等。
貸款:地方財政資金等。
代理金庫的會計分錄為:
借:從中央銀行存款等。
貸款:地方財政資金
同時，預算支出登記簿應以紅色(負數)登記。集中支付歸還的，應當恢復支付清算額度，並在支付清算額度登記簿上登記。