(壹)企業領導對會計信息化重視不夠。
有些領導簡單地認為會計信息化就是會計電算化，任務會計信息化就是財務數據在計算機上的簡單應用，其目的只是為了會計人員的工作強度。所以，會計信息化只是會計方法的壹個小工具。雖然這些都在不斷發展，但是管理水平還是處於較低的水平，和剛開始沒有太大的變化。甚至有的領導認為只要實現會計電算化就完全足夠了，根本沒有認識到會計信息化的重要性，更沒有認識到會計信息化是會計電算化新的發展階段，會計信息化是當今信息化建設的重要組成部分。
(二)現在企業缺乏復合型會計信息人才。
會計信息化復合型人才缺乏是制約我國企業會計信息化發展的關鍵問題。中國最近的壹份人才調查報告顯示，中國中低層次金融人才過剩，但高科技信息技術與會計專業人才的結合相對匱乏，供不應求。在會計領域，很多會計人才能夠完成手工記賬，但是能夠將現代信息技術引入會計領域，滿足會計信息化需求，推動會計信息化發展的人才非常稀缺。會計信息化是現代會計與信息技術相結合的產物，對相應的財務人員的素質要求非常嚴格。不僅要求他們具有較高的會計業務處理能力，還要求他們掌握計算機相關技能和解決實際工作中各種復雜問題的能力。
(三)會計信息化與企業信息化沒有有效結合
實現會計信息化，實現了物流、信息流、資金流的統壹，但最終目標是財務、業務、生產的壹體化。但從目前國內的實際情況來看，仍然有很多企業因為管理意識落後、資金不足、人員不足、業務鏈條脫節，只在財務部門使用財務軟件，導致財務數據和業務數據無法共享。這樣就無法與客戶、供應商及時溝通，也無法與銀行、稅務部門進行信息的交流和傳遞。企業內部業務部門和財務部門沒有很好的銜接，企業很難實現財務和業務的融合，最終影響企業信息化的進程。
(四)企業自身的內部管理控制容易出現問題1。會計信息數據安全性存在問題。
(1)保密性差。
信息化的壹切都記錄在紙上，所有的數據都要寫在紙上。壹旦紙面上的數據被修改，我們的財務人員可以很容易地識別出修改的痕跡，這壹方面可以避免非法修改。但在會計信息化環境下，以計算機相關介質為信息載體，存儲在計算機硬盤上的數據仍然容易被修改，而且修改後不留痕跡。此外，在早期的會計信息環境中，復制和竊取會計信息文件比以前更容易，而且壹般很難找到。同時，企業中很多會計軟件並沒有對存儲的數據進行加密，用戶可以簡單地通過復制數據庫文件來獲取會計信息。
⑵安全性和穩定性差。
現代計算機技術的飛速進步導致計算機病毒日益猖獗。會計信息資料以文件的形式儲存在現在正在工作的計算機上。這些強大的計算機病毒會破壞網絡通信和數據，壹些有用的文件可以直接從中毒的電腦復制到發送病毒的電腦和居心不良者的存儲設備上。目前，隨著計算機硬件和網絡技術的快速發展，用戶計算機感染的概率越來越大，感染途徑不僅可以在存儲介質中傳播，還可以在網絡中傳播，只要用戶點擊或進行其他混淆操作，就很容易被感染。越來越多的特殊病毒和間諜出於利益考慮，想盡辦法破壞各企業重要的會計信息化數據，對信息化的安全也造成了極大的威脅。
(3)授權方式的改變會使企業內部控制制度失效。
手工記賬，會計業務的每壹個環節都由具有相應管理權限的負責人簽字或蓋章，可以防止作弊。而在會計信息化中，系統授權方式主要是密碼授權。繞過會計軟件的檢查點，就可以打開電腦會計相關數據庫查詢各種財務系統。同時，業務人員的密碼也不像印章壹樣由專人保管。密碼壹旦被偷窺或竊取，對以後的數據錯誤危害極大。⑷程序化內容控制系統增加了出錯的可能性。
會計信息化中，數據處理程序化、自動化、集中化，使得處理結果壹旦出錯，在短時間內迅速擴散，導致整個系統的各種數據文件、賬簿、會計數據失真，並可能在系統中反復出錯。