計算機輔助審計中的應用有浪潮、金算盤、用友等軟件，行政事業性收費電子開票管理系統等應用
目前行政事業單位和企業己廣泛實行會計電算化，並且主要使用浪潮、金算盤、用友等軟件，同時財政已建立行政事業性收費電子開票管理系統，對大部分有非稅收入的行政事業單位實行非稅收入管理系統電子開票，財務軟件的相對統壹以及電子開票，為廣泛應用 A0 系統進行計算機輔助審計提供了外部運行環境。
而且會計人員對財務軟件的應用水平參差不齊，僅有少部分能夠規範操作，部分財務人員只會使用財務軟件而不會備份及打印帳套，如果審計人員不會計算機輔助審計，就真面臨著打不開帳，看不了帳的局面。
運用 SQL 服務器結合 Excel 電子表格的排序、篩選、匯總等功能對地稅局稅收征管情況開展計算機輔助審計，利用財務軟件數據轉換功能將社保局醫療保險資金歷年往來明細賬導成 Excel 電子表格進行清理，查出相關問趣。
采用SQL、A0、Excel 多種方式並行的方式、走出手工翻帳的狹窄範圍，運用計算機強大的數據處理功能進行匯總分析，^◎ 現場審計實施系統進行計算機輔助審計，有效提高了審計工作效率和審計質量。