南京審計大學源於1983創辦的南京財貿學院。1987更名為南京審計大學，由審計署和南京市人民政府聯合辦學。
1990 12轉制為審計署直屬高校。2000年2月，學校管理體制調整為由江蘇省和國家審計署組建，以江蘇省為主管理。
2002年4月，原南京金融學院合並組建新的南京審計大學。2011獲批全國審計碩士專業學位授權單位，成為教育部、財政部、審計署、江蘇省共建高校。
教員:
學校擁有百千萬人才工程2人，萬人計劃1人，教育部跨世紀優秀人才1人，中共中央宣傳部文化名家和四大群體人才1人，享受政府特殊津貼專家8人，省部級有突出貢獻中青年專家6人， 教育部新世紀傑出人才支持計劃3人，全國審計碩士專業學位教學指導委員會委員1人。
南京審計大學有7個碩士學位壹級學科授權點；江蘇高校優勢學科建設項目2個，江蘇高校優勢學科建設項目1重點序列學科。
江蘇省“十二五”重點學科1個，江蘇省“十二五”重點建設學科3個。在第四輪全國學科評估中，工商管理壹級學科評估結果為B，排名全國前20%-30%。
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