1、會計核算：政府會計和事業單位會計的核算方法也存在壹定的差異。政府會計采用收付實現制和權責發生制相結合的核算基礎，而事業單位會計則主要采用收付實現制的核算基礎。
2、會計目標：政府會計的目標是通過對財政資金的核算和管理，實現對公***財政的有效管理，保障政府機構的正常運轉。而事業單位會計的目標則是通過對事業單位的財務狀況進行核算和管理，幫助事業單位實現財務穩健運營，完成其使命和目標。
3、會計要素：政府會計的會計要素包括資產、負債、凈資產、收入和支出等五個方面，而事業單位會計的會計要素包括資產、負債、所有者權益、收入和支出等五個方面。