《會計核算軟件基本功能規範》第18條、19條明確規定，“在已經輸入的原始憑證審核通過或者相應記賬憑證審核通過或者登賬後，原始憑證確需修改，會計核算軟件在留有痕跡的前提下，可以提供修改和對修改後的機內原始憑證與相應的記賬憑證是否相符進行校驗的功能”，“發現已經輸入並已審核通過或者登賬的記賬憑證有錯誤的，可以采用紅字沖銷法或者補充更正法進行更正，記賬憑證輸入時可用‘壹’號或者其他標記表示”。使用“反復核、反記賬、反結賬”功能更正會計工作差錯，不僅違背了上述有關會計差錯更正方法的規定，而且在原始憑證、記賬憑證、會計賬簿等方面，大多數的會計軟件沒有或很少提供必要的痕跡記錄。
2.為做假賬、提供虛假會計信息及經濟違法犯罪打開了方便之門
由於“反復核、反記賬、反結賬”功能的使用，使得會計人員為同壹單位做幾套賬、編制幾套會計報表變得輕而易舉。以前手工賬由各人分別編制憑證、記載賬簿，如果發生會計造假，通過墨跡或筆跡可以較容易地識別和鑒定。而目前大多數會計軟件對更改的會計事項沒有提供完整的、真正意義上的痕跡記錄。有的會計軟件根本不提供這類逆向會計操作的痕跡記錄，有的也只是在操作日誌中記錄了何人何時使用過這些逆向操作功能，至於更正和補充了何種會計事項，其目的和來龍去脈如何則無從得知。現在，會計憑證、報表、賬冊都可以通過計算機打印出來，如果單位缺乏嚴格周密的會計電算化內部牽制手續，別有用心的人就會在會計業務發生時蓄意留下伏筆，經過壹段時間後，神不知鬼不覺地篡改部分會計憑證、報表和賬冊，這樣就使得會計做假、造假和經濟違法犯罪變得更加隱蔽，給會計、審計監督工作和防範違法犯罪增加了技術難度。
3.如果軟件功能使用不當，可能會導致賬務混亂
在使用“反記賬、反結賬”功能時，由於財會人員會計電算化業務水平以及對軟件功能理解的偏差，特別是在運用跨年度反結賬功能時，不同年份會計科目的體系可能發生了變化，如果誤操作，很可能產生賬務混亂，甚至可能導致整個賬務系統的癱瘓，造成不應有的損失。