2.1基本概念的不同
司法會計鑒定是壹種法律訴訟活動，其鑒定的對象僅限於受訴訟機關委托的案件所涉及的財務問題或會計問題，只是查明案情，不會對其財務會計方面的其他問題進行事後監督或進行相關評價。而審計是壹種監督、鑒證和評價活動，往往是受第三方或審計機關、被審計單位的委托，對其被審計單位的財務收支、財務狀況、經營成果、現金流量、會計核算等方面經濟監督活動，同時對其會計核算的公允性和合理性進審查，並對投資人和財務報告的使用者理解和使用有關財務信息容易產生誤解的事項給予評價，往往審計結果是對發現的所有問題，非個別壹般問題。
2.2主體的產生、地位和承擔的責任不同
首先，產生的程序和要求不同。司法會計鑒定主體往往由訴訟機關指派或聘請產生，具備解決訴訟案件財務問題的專業知識和能力，且應符合不具備多種法定要求的回避情形。而審計的主體往往由審計機關派出或者由委托人委托會計師事務所履行審計職能，且專業知識要求比較寬泛，回避要求只要與被審計單位無利害關系就行，沒有司法會計鑒定主體要求的回避情形多。從而看出司法會計鑒定主體比審計主體的要求更為嚴格。其次,地位不同。根據《刑事訴訟法》的規定，司法會計鑒定人是訴訟參與人，享有法定的訴訟權利和承擔法定的訴訟義務。而審計主體不是法定的訴訟參與人，但如果審計主體所進行的審計事項被列為案件事實，可能成為案件的當事人或證人。這壹差異決定了二者在訴訟案件審計所享有的權利和承擔的義務不同。再次，承擔的法律責任不同。司法會計鑒定主體承擔著與實施鑒定有關的訴訟法律責任，如故意出具虛假結論性意見，就要承擔偽證罪的刑事責任，如過失導致的不需要承擔刑事責任；審計主體承擔與實施審計有關的法律責任，如審計主體出具虛假的證明文件，不論是故意或過失，均要承擔刑事責任。
2.3操作實施的程序不同
首先，獲得證據的途徑不同。司法會計鑒定人員獲取檢材可采取搜查強制手段獲得，通常由偵查、檢察和審判人員獲取並提供。而審計人員往往由自己來搜集證據材料，不能采取強制措施。其次，操作實施方面的差異。司法會計鑒定的基本程序是先結論後驗證，具體的操作程序通常包括鑒定準備（受理、受檢、備檢）、初步檢驗（閱卷、測試檢材質量、作出初步結論、制定詳細檢驗論證方案）、詳細檢驗、制作鑒定意見四個階段。審計的基本程序是先審計後結論，具體操作程序通常分為審計準備（接受委托、測驗內部控制制度的建設情況，制定審計計劃等）、實施審計、制作審計報告三個階段。這壹差異看出司法會計鑒定通常以案件調查為前提，而審計需要從頭開始就實施調查，以做出總體評價為前提。再次，處理發現問題的差異。司法會計鑒定主體在鑒定中發現涉及案件的與鑒定有關或無關的問題證據時，總是第壹時間告知送檢單位或建議送檢單位補充證據，由送檢單位作出繼續調查、收集或固定證據，司法鑒定人員不得自行處理；而審計主體可對發現的問題作出自行處理的決定。
2.4工作的結果不同
司法會計鑒定需要以固定的司法會計鑒定文書形式表達鑒定性意見，可能是司法會計鑒定書、司法會計分析意見書或司法會計咨詢意見書等，此類文書，具有較強的針對性，如不能出具文書則出具終止司法會計鑒定通知書，說明不能出具的理由或原因，司法會計鑒定的結果必須對鑒定意見的論證依據和論證過程進行說明。而審計主體出具的文書有多種，往往對被審計單位的會計報表的合法性、公允性和會計處理方法的壹貫性發表審計意見，通常具有表達評價性的意見，如管理建議書或審計報告等，審計報告包括無保留意見的審計報告、帶強調事項段無保留意見的審計報告、無保留意見的審計報告、否定意見的審計報告、保留意見的審計報告、無法表示意見的審計報告，審計報告只有在特定的情況下，才被對審計結論的理由進行說明。從工作結果的不同可以看出，司法會計鑒定屬於鑒定意見，帶有壹定的傾向性或確定性，而審計報告是審計意見，不具有確定性的意見，通常只是表達評價或提出建設性的管理意見。