企業內部會計控制制度的建立應遵循以下原則:
(1)有效性原則。設計內部控制制度的目的是規範管理行為，保證企業目標的實現。內部控制制度的設計必須以“有效性”為前提，內部會計控制制度要約束企業內部所有參與會計工作的人員，任何個人都無權超越內部會計控制。比如，由於企業規模較小，管理人員的個人行為不能隨意影響企業會計工作的有序進行，內部控制環節盡量不要過長，環環相扣，讓人有效運作。它必須有利於控制和檢查，有了解控制制度執行情況的手段和途徑，並根據執行和管理需要不斷完善，以確保內部控制制度更適合管理需要，提高工作質量和效果。
(2)全面性原則。內部會計控制應覆蓋企業內部所有涉及會計工作的經濟業務和相關崗位，並落實到決策、執行、監督、反饋等環節，如憑證控制、實物資產控制等，針對業務處理中的關鍵控制點。另外，賬、錢、物要嚴格管理。任何經濟業務都要按照既定的程序和手續辦理，多人辦理，* * *要負責。要努力克服貨幣資金、財產物資和有關帳冊管理上的混亂，防止企業資產流失。特別是企業的現金和銀行存款業務，在每日終了時，應及時計算當日的總收入、總支出和總余額，並每日逐筆登記日記賬；月末，日記賬余額必須與相關的總分類賬余額進行對賬，以便每月結算。同時，對財產物資進行定期或不定期盤點，隨時反映賬面數和實際數，確保賬實相符。這樣可以防止貪汙盜竊，保證企業財產安全。
(3)相互牽制原則。遏制原則，即壹個完整的經濟業務活動，只能通過兩個或兩個以上相互制約的控制環節來完成。在橫向關系中，應該由至少兩個相互獨立的部門或人員來處理，以便這個部門或人員的工作可以由另壹個部門或人員來監督。在縱向關系中，至少通過兩個或兩個互不隸屬的職位或環節，使下屬受上級監督，上級是下屬。此外，所有部門或人員必須相互配合，所有崗位和環節都要協調同步。
比如企業內部控制的分析圖，要避免壹個人可以單獨辦理某項業務或擁有絕對控制權，而必須經過其他人或部門的審核和檢查，最大限度地減少錯誤和舞弊的發生。協調合作原則是對相互遏制原則的深化補充。貫徹這壹原則，尤其要避免只包含錯誤和弊端，不顧效率的機械做法，而必須相互牽制、相互協調，在保證質量、提高效率的前提下完成業務任務。內部控制應當保證內部機構、崗位、崗位職責權限的合理設置和劃分，堅持不相容崗位相互分離，保證不同人員和崗位職責明確、相互制約、相互監督。當然，中小企業由於人員有限，不能像大企業那樣設置各種互相牽制的崗位，但可以根據需要采取互相審查、定期檢查或指定人員審核的方式。
(4)成本效益原則。企業內部會計控制的任何分工、審計和制衡都必須考慮是否符合成本效益原則。如果分工和制衡的成本高於其收益，就不應該采用控制。壹項控制是否有效，應該從企業整體利益的角度來考慮。雖然有些控制方法會影響工作效率，但對於整個企業來說，如果不采用，可能會給企業造成更大的損失，所以控制還是要實施。雖然內部會計控制是面向企業內部所有經濟業務、部門和崗位的，但並不是說控制點越多越好。控制點的設置必須考慮成本與收益的關系，力求以合理的成本達到最佳的控制效果。
(5)領導(業主)重視原則。這裏提出領導的重要性絕不是壹句空話，因為內部控制的成敗很大程度上取決於領導或企業主的重視和執行程度。從某種程度上說，加強內部控制實際上就是加強對企業實際管理者的控制。但是，壹些管理者對內部控制不太重視，沒有帶領組織建立內部控制制度，導致企業缺乏明確的內部控制程序和標準；有的雖然建立了內部控制制度，但內容不完善，比較重視對供、產、銷環節的控制而忽視內部控制結構的整體協調，比較重視對實物的控制而忽視對人員的控制；對經濟往來疏於管理，導致資產不清，債權債務不實。
(6)遵循相關法律法規的規定和對企業切實可行的原則。企業內部控制制度的設計應遵循國家的統壹規定，充分考慮企業自身生產經營的特點和要求，使其更具可操作性。對壹切可以由企業自主選擇的財務事項，企業應根據國家的統壹規定和自身生產規模、經營方式、組織形式等實際情況作出具體規定。有些企業業務量小，只能集中核算，即由會計機構統壹辦理。在職責劃分上要註意不相容職務的分離，如出納與審計的分離，出納與總賬、明細賬的分離等。
企業自身的特點為企業內部會計控制的缺陷奠定了基礎。完善企業內部會計控制制度，首先要建立壹套合法合規、符合企業自身特點的會計控制制度設計原則，然後在此基礎上建立企業內部會計控制制度。只有這樣，才能不使企業在建立內部會計控制時毫無頭緒。因此，可以說，建立適當的內部會計控制制度設計原則是完善企業內部會計控制的基礎性工作。