改革實施前預算單位撥付的資金繼續使用，在原銀行賬戶核算；原賬戶中用於相關用途的財政資金用完後，按規定從預算單位新開立的零余額賬戶中使用相關資金。
管理使用
財政部
財政部門零余額賬戶[1]用於財政直接支付。該賬戶每日支付款項應在當日營業結束前與國庫單壹賬戶進行結算；業務中單筆支付在5000萬元以上(含5000萬元)的，應及時與國庫單壹賬戶結算。財政部零余額賬戶用於國庫會計核算。
基層預算單位
預算單位零余額賬戶用於財政授權支出。該賬戶的日常支付由代理銀行在當日營業終了前在財政部核定的額度內與國庫單壹賬戶進行結算；財政授權的轉賬業務，通過預算單位零余額賬戶辦理。預算單位零余額賬戶用於行政單位會計和事業單位會計。
零余額賬戶的金額具有與人民幣存款相同的支付結算功能。預算單位零余額賬戶可以辦理轉賬、匯款、委托收款、取現等支付結算業務。
預算單位應當在當地商業銀行開立財政授權支付零余額賬戶，與國庫單壹賬戶結算。這個賬戶過夜沒有余額，所以叫零余額賬戶。保持零余額的方式是在日常營業時間(國庫單壹賬戶系統啟動時間為每天上午9: 00)通過該賬戶支付財政支出，營業時間結束時(國庫單壹賬戶系統關閉時間為每天下午15: 30)，該賬戶和國庫單壹賬戶將被清算，實現零余額。