1、培養目標的不同：
專科：培養具有某種專業知識和技能的中、高級人才；培養能適應在生產、管理、服務壹線和廣大農村工作的技術應用性人才；培養掌握壹定理論知識，具有某壹專門技能，能從事某壹種職業或某壹類工作的人才，其知識的講授是以“能用為度”、“實用為本”。
本科：培養較紮實地掌握本門學科的基礎理論，專門知識和基本技能，並具有從事科學研究工作或擔負專門技術工作初步能力的高級人才。要求學生具備合理的知識結構，掌握科學工作的壹般方法，能正確判斷和解決實際問題，具備終生學習的能力和習慣，能適應和勝任多變的職業領域，本科教育知識的講授不僅要向學科的縱深發展，還要註意學科間的橫向關系，與此同時，本科教育註意培養學生的科學思維能力、創造能力、創新精神和創業精神。
2、職能結構的不同：
專科：以教學為主要職能。
本科：以教學、科研、成果轉化與產業服務為主要職能。
3、知識結構的不同：
專科：橫向的職業崗位知識模塊，強調崗位業務知識和實踐操作技能，理論以“夠用”、“實用”為度。比較側重“WHAT TO DO”和“HOW TO DO”，集中於改造認識世界的範疇，是相對完整的實踐體系和相對不完整的理論體系的統壹。
本科：縱向的框架式知識體系，強調課程的整合、學科的完整和綜合，註重跨學科知識的遷移。比較側重〃WHAT〃和〃WHY〃，集中於認識世界的範疇，是相對完整的理論體系和相對不完整實踐體系的統壹。
4、學科專業的不同：
專科：以面向行業或本地區為主，專業覆蓋面較窄，數量較少，社會適應性有限。繼續學習的潛能較弱。
本科：以面向行業，面向大經濟區域為主，專業覆蓋面較寬，數量較多，社會綜合適應性較強。繼續學習的潛能較大。
5、師資結構的不同：
專科：學士學位為主體，教師以教學為主要任務，對教師的評價主要依賴教學效果，〃雙師型〃教師倍受青睞，有影響的學科帶頭人較少。
本科：碩士、博士學位占較高比例，教師既要教學也要承擔科研任務，教學能力和科研能力是教師的評價主要依據，有影響的學科帶頭人較多。
6、組織結構的不同：
專科：辦學規模小、層次少，直線型的統壹決策管理。教研室成為教學研究的基本單位。
本科：辦學規模大、層次多，管理體系多以直線職能或扁平式體制為主，院系二級機構的權、責放大，項目組形式的團隊研究比較多見。
7、辦學模式的不同：
專科：入口是學生，出口主要還是學生。教學質量控制體系在校內，開放辦學程度要求不高，國際化程度較低，自成體系，較為閉塞。
本科：入口有學生、科研項目，出口則有學生、理論成果、應用成果等多種形式，學術水準要求高，對外開放度較高，社會影響力強