企業必須對研究開發費用實行專賬管理，同時必須按照本辦法附表的規定項目，準確歸集填寫年度可加計扣除的各項研究開發費用實際發生金額。企業應於年度匯算清繳所得稅申報時向主管稅務機關報送本辦法規定的相應資料。申報的研究開發費用不真實或者資料不齊全的，不得享受研究開發費用加計扣除，主管稅務機關有權對企業申報的結果進行合理調整。企業在壹個納稅年度內進行多個研究開發活動的，應按照不同開發項目分別歸集可加計扣除的研究開發費用額。
另外，自2016年1月1日起，企業應按照國家財務會計制度要求，對研發支出進行會計處理；同時，對享受加計扣除的研發費用按研發項目設置輔助賬，準確歸集核算當年可加計扣除的各項研發費用實際發生額。企業在壹個納稅年度內進行多項研發活動的，應按照不同研發項目分別歸集可加計扣除的研發費用。企業應對研發費用和生產經營費用分別核算，準確、合理歸集各項費用支出，對劃分不清的，不得實行加計扣除。