-培養模式不同。會計學碩主要以理論教學為主，學制壹般為三年。會計專碩主要以案例式教學、研討式教學、強調團隊合作、註重培養創業型、職業化素質，學制壹般為兩年。
-課程設置不同。會計學碩士更多偏重於基礎教育、素質教育和專業教育，偏重理論知識的掌握和學習，如財務理論、會計理論、審計理論、國際會計等會計相關知識。會計專碩更多偏重於實務，學習的目的是為了解決實際工作中的問題。
-考試科目不同。會計學碩考試初試考試時間為2天，初試科目有4門，滿分500分：4.會計學或管理學150分(綜合考察會計、管理學和經濟學方面的知識)。會計專碩初試考試時間為1天，考試科目兩門，滿分300分：1.英語二100分。