1、培養目標不同
會計碩士：掌握現代會計理論與實務及其相關領域的知識和技能，具有對多變的商業環境的適應能力、國際視野和戰略意識，具有會計工作的領導潛質。熟練地掌握和運用壹門外國語。
審計碩士：培養系統掌握現代審計學基本理論及相關領域的知識和技能，具有開闊的國際視野、較強的專業能力、能夠創造性地從事審計工作的高層次、應用型審計專門人才。
2、學習方式不同
審計碩士：全日制學習，學制壹般為兩年。
會計碩士：采用全日制學習方式，學習年限壹般為2年或者三年。
3、開設院校數量不同
開設院校從最初的10余所發展到如今的近200所。審計碩士發展時間至今才6年，其開設院校從最初16所到如今的42所。
4、學位設置時間
會計碩士：2003年12月國務院學位委員會通過
審計碩士（025700）為我國第39種專業碩士，於2011年2月13日國務院學位委員會第28次會議審議通過設置該碩士。
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