根據上述職責，蘇州市常熟工商行政管理局設9個職能股(室)：
(壹)辦公室
負責組織協調本局機關日常工作；負責局機關的文秘、政務信息、建議和提案、信訪、機要保密、新聞宣傳、調研等工作，負責全系統裝備、固定資產的管理和基建項目的核算工作；協調全系統的信息化、檔案管理和統計工作。
(二)人事教育股
負責本局管理的幹部的考核、任免、獎懲、退休、辭退、辭職、檔案管理等工作；負責全系統人事計劃、人員調配、職稱評定、工資、福利及統計等工作；負責全系統機構編制管理、基層建設、精神文明建設、評選表彰和教育培訓工作；負責老幹部的日常服務、管理、活動安排等工作。
(三)財務股
負責全系統財務經費管理和預算、核算、決算及收費管理、票據管理、內部審計監督工作；指導所屬事業單位及全系統的會計基礎工作。
(四)法制股
承擔本系統行政處罰案件的核審、聽證以及行政復議和行政訴訟應訴工作；組織工商行政管理法律、法規、 規章的宣傳、培訓和普法教育工作；組織工商行政管理執法監督工作；組織實施執法責任制，指導全系統法制工作。
(五)登記註冊股
審定、核準、頒發管轄範圍內的企業(含個人獨資企業、合夥企業)、個體工商戶及其他經營單位的證照；負責全市外商投資企業登記註冊的初審工作；審核、頒發管轄範圍內的廣告登記證。
(六)外資企業監督管理股
負責對上級工商局授權登記註冊的外商投資企業的年檢和監督管理工作；承擔上級工商局登記註冊的外國(地區)企業常駐代表機構的監督管理工作；指導全系統外商投資企業的監督管理工作。
(七)監督管理股(含企業、商標、廣告、個體)
負責本局登記註冊的內資企業的年檢和轄區內內資企業的監督管理工作；組織查處違反有關登記管理法律法規的案件；負責商標使用、商標印制和商標驗證的監督管理工作，組織查處商標侵權行為及商標使用中的其他違法案件；組織實施對廣告發布及其他各類廣告活動的監督管理；組織實施廣告經營資格審批；組織查處違法廣告；指導商標協會、廣告審查機構和廣告協會的工作；組織、指導個體工商戶、個人合夥企業和個人獨資企業的監督管理工作；引導全市個體私營經濟的發展；指導個體勞動者協會和私營企業協會工作。
(八)公平交易監督股(消費者權益保護股)
組織查處市場交易中的壟斷、不正當競爭、流通領域走私販私和其他經濟違法違章行為；負責流通領域商品質量的監督管理；組織查處嚴重侵害消費者合法權益的案件；指導消費者協會和“12315”投訴舉報受理中心的工作。
(九)市場合同監督管理股
組織規範管理各類市場的經營秩序；監督管理全市各類消費品市場、生產資料市場、生產要素市場；參與市場培育和市場布局規劃；負責管理和指導市場登記和統計工作；負責商品展銷會的管理工作；負責監督管理網上交易活動及其經營行為；對全市經紀人進行監督管理；組織查處合同違法行為；負責辦理企業抵押物登記，受理合同鑒證、合同爭議行政調解；組織監管拍賣行為；指導經紀人協會和企業信用管理協會工作。
另按有關規定設置紀檢監察機構