(1)辦公室
負責文電、會議、機要、檔案等機關的日常運作；承擔財政、信息、安全、保密、信訪、政務公開、人事、教育培訓等工作。
(2)綜合部
分析和預測宏觀經濟形勢，提出宏觀調控政策建議；研究提出相關收入分配政策和改革方案；管理廉租住房補貼和經濟適用住房建設資金；會同有關方面制定土地、礦產等國有資源的稅收政策；管理國有土地出讓收入；擬訂政府非稅收入管理制度和政策；承擔彩票市場監管和彩票資金管理工作；承擔清理規範公務員津貼補貼和事業單位績效工資改革的具體工作。
⑶預算科(法律、稅收和行政科)
研究提出財政政策、財政體制、預算管理制度和中長期財政規劃的建議；編制市本級年度預算草案，辦理預算補充事項；承擔本級市級部門預算的審查、批準和調整；承擔本級市級部門支出標準體系建設和項目庫管理工作；匯總全市年度財政預算。組織起草全市財政、稅收等地方性法規草案；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核；承辦相關的行政復議和行政訴訟；承擔國家賠償費用工作。
(4)財務科
組織預算執行、分析和預測，組織實施總預算會計、行政單位會計和政府會計制度；組織實施國庫管理制度和國庫集中支付制度；管理財政和預算單位的賬戶和普通會計；編制市本級財政決算草案和編報全市財政決算，承擔國庫現金管理的相關工作。
⑸行政、政治和法律科
承擔行政、政法部門預算相關工作；制定行政經費財務管理制度；負責行政事業單位和社會團體的非貿易外匯管理。
(6)教育、科學和藝術
承擔教育、科技、文化等部門預算相關工作。制定壹般事業單位財務管理制度和新聞出版電影行業財務制度；承擔義務教育經費保障機制改革的具體工作，按規定管理重大科技專項經費；承擔市本級國有文化企業財務管理工作。
(7)經濟建設科
承擔發展改革、城市規劃建設、環境保護等部門預算相關工作；參與市本級建設投資相關政策的制定；制定基本建設財務管理制度；承擔相關政策補貼和專項儲備資金的財務管理；承擔財政投資評審管理工作。
㈧農業科
承擔農業、林業、水利部門預算相關工作；制定財政支農資金管理辦法和有關行業、事業單位、企業的財務管理制度；支農專項資金管理、政策性農業和扶貧專項貸款管理、財政扶貧資金統籌安排。
(9)社會保障科
承擔人力資源和社會保障、民政、衛生等部門預算相關工作；會同有關方面管理全市財政和社會保障、就業、醫療衛生支出；會同有關方面制定有關基金(資金)的財務管理制度，承擔社會資金的財務監管；編制社會保障預決算草案，審查全市社會保險基金預決算草案。
㈩企業科(財務科)
承擔工業和信息化委員會、商務、國資部門預算相關工作；研究提出支持企業改革和發展的財政政策；承辦國有資本經營預算相關工作；組織實施企業財務管理的各項制度；承擔資產評估管理工作；擬訂金融企業財務管理制度和政策性出口信用保險相關政策，按規定管理政策性金融業務。
(十壹)鄉鎮財政管理局
指導全市鄉鎮財政工作；研究制定鄉鎮財政管理的相關制度和措施；負責全市各縣鄉鎮財政的代管工作；參與社會涉農資金監管，組織財政補貼發放。
(12)外經部
參與研究本市利用國際金融組織和外國政府貸款的有關政策和金融法規；承辦世界銀行、亞行等國際金融組織和外國政府在吉安的對外談判、貸(捐)款及還貸、擔保和聯合融資；監督管理貸款資金和國內配套資金的使用；承辦涉港澳臺合作交流事務。
(十三)會計科
組織實施全國統壹的會計準則體系、內部控制規範和註冊會計師職業規章制度；管理會計資格；按規定承擔會計專業技術資格管理工作；承擔對註冊會計師和會計師事務所的業務指導和監督工作；組織實施會計信息化標準。
(14)國有資產管理科
制定本級市級行政事業單位國有資產管理的制度和辦法；承擔市政府直屬行政事業單位國有資產管理工作；指導縣(市、區)行政事業單位國有資產(資源)管理工作。
(十五)財政監督局(市人民政府財政監督檢查辦公室)
制定金融監督檢查的政策和制度；監督財稅法律和政策的執行，承擔監督檢查會計信息質量的相關工作，依法查處違法行為；反映財務收支管理中的重大問題；提出加強財務管理的政策建議；指導全市金融監管工作。
市契稅征收管理分局(行政服務科)。負責市區(吉州區、青原區)和井開發區契稅、耕地占用稅的征收管理；在市行政服務中心負責行政審批工作。
紀檢組(監察室)。是市紀委(市監察局)派駐機構。